simpleitk

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我的Python代碼是： import SimpleITK as sitk resultImage = sitk.Elastix(sitk.ReadImage("fixedImage.nii"), \ sitk.ReadImage("movingImage.nii"), \ "translation") sitk.Show(resultImage, 't

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如何使用simpleitk獲取反向位移字段

我剛剛從matlab移動到Python最近，所以我可以使用simpleitk和抱歉，如果這是一個愚蠢的問題。我使用simpleitk進行惡魔註冊之後有一個轉換tx。我希望通過執行以下操作來獲得位移場及其逆， disp_field = tx.GetDisplacementField() disp_field_inv = tx.GetInverseDisplacementField() 原來d

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使用Python中的SimpleITK讀取mhd文件時出錯

我在這裏再次討論關於python中的SimpleITK的另一個問題。我想繪製一個.mhd圖像，但我不知道如何。我想在這裏說明Reading *.mhd/*.raw format in python功能： load_itk('/home/bianca/Documents/PythonProcessing/result-Edep.mhd') 但它不是讀取圖像： RuntimeError: Exce

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變換對象沒有屬性GetInverseTransform

這不是重複的，請花幾秒鐘的時間來閱讀我的問題，我會很高興。我目前使用simpleITK registration的RegistrationMethodClass。由於固定圖像中有很多噪聲（可以選擇它作爲度量中的比較點，它可以從固定圖像中選擇點），但我想嘗試反過來註冊，使用乾淨的蒙版圖像作爲固定圖像，然後使用變換類中的the GetInverseTransform方法將返回的變換的逆應用於此相同的

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錯誤：無法將字符串轉換爲浮動（CordZ）

我想根據CSV文件中給出的座標從CT圖像中提取結節塊。我不斷收到這條錯誤消息在worldcoord行：無法將字符串轉換爲浮動（CordZ）。我不太確定如何做到這一點。我有這個至今： def readCSV(filename): def readCSV(filename): lines = [] with open(filename, 'r') as f: csv

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Python - 從3D數組寫入三維圖像

我試圖從3D數組中獲取圖像並將其轉換爲TIF 3D。我正在使用簡單的ITK，但它不起作用。我得到這個錯誤信息：「的方法 'WriteImage'，參數1型 'ITK ::簡單::圖片常量&' 這裏是我的代碼： import numpy as np import SimpleITK as sitk test = np.ones((20,20,20)) sitk.WriteImage(tes

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sitk.GetArrayFromImage返回空numpy數組？

我正在使用3D MR圖像數據。爲了計算直方圖，我將sitk.Image轉換爲3維的numpy arrray。雖然我能夠使用matplotlib顯示每個軸向切片，但numpy數組在所有三維中都是完全空的。有人可以解釋發生了什麼事嗎？ import numpy as np import SimpleITK as sitk from myshow import myshow img = sit

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SimpleITK.Show（）ImageJ中在Linux上生成錯誤

編輯注：這個問題最初表述爲如何在Linux SimpleITK.Show（）鏈接到ImageJ的？通過將SimpleITK 1.0.0升級到1.0.1，我能夠從SimpleITK.Show（）啓動ImageJ。但ImageJ無法打開「sample_mri.hdr」。 ImageJ生成以下錯誤消息。文件是不支持的格式，讀者插件不可用，或者沒有被發現。 root/local/linux/Im

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不能寫圖像SimpleElastix（蟒蛇）

我試圖運行下面的示例作爲SimpleElastix庫的一部分： import SimpleITK as sitk elastixImageFilter = sitk.ElastixImageFilter() elastixImageFilter.SetFixedImage(sitk.ReadImage('1.jpg', sitk.sitkFloat32)) elastixImageFilt

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爲什麼ConnectedThresholdImageFilter類不在閾值內標記像素？

我想使用ConnectedThresholdImageFilter類來分割二進制圖像（'slice87.jpg'）的「C」看白色區域。這個想法是選擇一個位於該區域內的種子值，並且只添加也具有255強度的相鄰像素（在閾值254和256之間）。然而，我的代碼的結果的圖像中的與每一個像素設置爲0：代替此（通過Photoshop的手動編輯）：我的種子值是（x，y）=（115,35）。 img.Get