創建三狀態馬爾可夫鏈圖

Question

我有以下數據框與狀態：生氣，冷靜，並且很累。下面的數據框提供了一個狀態轉換到另一個狀態的個案。

pre<-cbind(c(rep("tired",100),rep("angry",100),rep("calm",100))) 
post<-cbind(c(rep("tired",50),rep("angry",70),rep("calm",100),rep("tired",80))) 
df<-cbind(pre,post) 
df<-as.data.frame(df) 
colnames(df)<-c("pre","post") 

我想達成什麼是buidling三個狀態的馬爾可夫鏈陰謀，它也被稱爲「遊樂場」，看起來像這樣：

我會怎麼做R中？

在此先感謝！

Answer 1

我們可以使用markovchain包，使用plot方法中的diagram。

讓我們先來計算從df

states<-c("tired","angry","calm") 

probsCase<-function(i,j){ 
    sum(as.character(df$pre)==states[i] & as.character(df$post)==states[j])/sum(as.character(df$pre)==states[i]) 
} 

transitionMatrix<-outer(1:3,1:3,Vectorize(probsCase)) 
colnames(transitionMatrix)<-states 
rownames(transitionMatrix)<-states 

轉移概率矩陣現在用markovchain初始化並繪製矩陣

library(markovchain) 
markovChain <- new("markovchain", states=states, transitionMatrix=transitionMatrix) 
plot(markovChain,package="diagram") 

編輯：

如果你有安裝markovchain煩惱包，我們實際上可以不使用它並直接使用diagram包，只需再transitionMatrix

library(diagram) 
plotmat(transitionMatrix,relsize=0.7) 

然後，您可以根據使用的選項中plotmat