如何通過採樣點來繪製稀疏地塊？

我有一個OTU表，其中60個採樣點（每個都有豐富的各種OTU）跨越三個站點：A，B和C.每個站點有20個採樣。

我想繪製每個站點的稀疏曲線：A，B和C.我想看看站點平臺的曲線是否檢查每個站點是否有足夠的序列。

目前，我這樣做：

raremax <- min(rowSums(otu.table)) 
rarecurve(otu.table, sample = raremax)

目前每一個採樣點被繪製成單個curves-這不是我want-我想繪製每個採樣點的整體曲線。

來源

2017-08-02 Frodo Baggings

你的意思是個體採樣單位稀疏度的平均值，還是採樣單位的稀釋度？這些不同。（此評論包含提示如何實現這些結果。） –

說實話，我不確定 - 但我會冒險猜測這是第二種選擇;我需要估計每個地點的測序樣本量是否足以覆蓋所有的OTU，從而準確估計物種豐富度。謝謝！ –

對於第二個選項，您必須按網站對物種數進行求和。這將忽略各地點之間採樣單位之間的所有差異（有些人稱之爲貝塔多樣性），並將採樣單位視爲簡單重複。如果你想發佈你的結果，你可能需要證明你對審稿人的方法合理。

隨着標準R你可以使用aggregate得到的總和。下面的示例使用素食主義者數據集mite和mite.env：

rarecurve(aggregate(mite, list(mite.env$Shrub), sum)[,-1])

的aggregate將增加一列，你必須刪除，你不會有曲線的標籤。多一點點纏繞方式給你也是名：

rarecurve(sapply(mite, function(x) sapply(split(x, mite.env$Shrub), sum))) 
rarecurve(t(sapply(split(mite, mite.env$Shrub), colSums))) # alternatively

對於這個數據必須是data.frame ---矩陣將失敗。

來源

2017-08-03 13:18:39

如何通過採樣點來繪製稀疏地塊？

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