qiime

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我試着在兩個不同的StarCluster AMI（它們的默認64位Ubuntu 11.10和QIIME 1.5映像）上升級IPython。在任何一種情況下，當我啓動羣集時，初始化腳本都掛在'正在等待JSON連接器文件...'。我登錄到實例，實際上，即使一個ipcluster守護進程正在運行，它也沒有將任何JSON文件寫入profile_default/security。也許這是IPython 0

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在列表中刪除多餘的perl

您好我使用這個腳本從一個使用silva數據庫從qiime獲得的OTUs文件中提取所有的門，我添加了一個子程序來消除重複的分類並且提取所有沒有多餘的（每個分類之一），我的問題是，我剛剛得到的拉斯維加斯線（只有一個類羣） #!/usr/bin/perl -w use strict; use Getopt::Long; my ($imput, $output, $line, $phylum, @

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QIIME2 dada2 rlang.so錯誤

我運行QIIME2運動畫面的教程，在dada2步驟，我跑： qiime dada2 denoise-single \ --i-demultiplexed-seqs demux.qza \ --p-trim-left 0 \ --p-trunc-len 120 \ --o-representative-sequences rep-seqs-dada2.qza \ --o-table ta

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如何通過採樣點來繪製稀疏地塊？

我的問題的簡化版本：我有一個OTU表，其中60個採樣點（每個都有豐富的各種OTU）跨越三個站點：A，B和C.每個站點有20個採樣。我想繪製每個站點的稀疏曲線：A，B和C.我想看看站點平臺的曲線是否檢查每個站點是否有足夠的序列。目前，我這樣做： raremax <- min(rowSums(otu.table)) rarecurve(otu.table, sample = raremax)

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使用bwa mem。 'mem'被顯示爲無法識別的命令

我正在使用Virtual Box並嘗試在終端上運行bwa。爲了對齊引用的左右讀取，我使用了'bwa mem'，它向我顯示了一個錯誤，指出「無法識別的命令'mem'」。有沒有辦法我可以分開或另一種方式？