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我希望能引入類似於R的pheatmapgaps_row
或gaps_col
參數的熱圖中的特定行/列之間的間隙。但是,粗略搜索後,此功能似乎不可用。我曾考慮通過創建具有特定大小的不同軸來模擬此行爲,但正確地確定其位置將會非常棘手。有沒有更簡單的方法來模擬此功能?使用matshow插入行和/或列之間的間隙
例如:
從這question
我希望能引入類似於R的pheatmapgaps_row
或gaps_col
參數的熱圖中的特定行/列之間的間隙。但是,粗略搜索後,此功能似乎不可用。我曾考慮通過創建具有特定大小的不同軸來模擬此行爲,但正確地確定其位置將會非常棘手。有沒有更簡單的方法來模擬此功能?使用matshow插入行和/或列之間的間隙
例如:
從這question
這裏是重現matplotlib上圖中的碼。
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np; np.random.seed(0)
a = np.random.poisson(lam=5, size=(10*5, 4*3))
fig, axes = plt.subplots(nrows=5, ncols=4+1, figsize=(6.5,7),
gridspec_kw={"width_ratios":4*[1] + [0.2]})
kw = dict(aspect="auto",vmin=a.min(), vmax= a.max())
for i in range(5):
for j in range(4):
im = axes[i,j].imshow(a[10*i:10*i+10,3*j:3*j+3], **kw)
axes[i,j].tick_params(axis=u'both', which=u'both',length=0)
axes[i,j].set_xticklabels([])
axes[i,j].set_yticklabels([])
ylabels=["gene {:02d}".format(i+1) for i in range(50)]
xlabels=["treatment {:02d}".format(i+1) for i in range(12)]
clabels=["{:02d}".format(i+1) for i in range(5)]
for i in range(5):
axes[i,4].set_facecolor(plt.cm.Set2(i/8.))
axes[i,4].text(0.5,.5, clabels[i], rotation=-90, color="w",
transform=axes[i,4].transAxes,
ha="center", va="center", fontweight="bold", fontsize=9)
axes[i,4].tick_params(axis=u'both', which=u'both',length=0)
axes[i,4].set_xticklabels([])
axes[i,4].set_yticklabels([])
axes[i,0].set_yticks(range(10))
axes[i,0].set_yticklabels(ylabels[i*10:i*10+10], fontsize=7)
for j in range(4):
axes[4,j].set_xticks(range(3))
axes[4,j].set_xticklabels(xlabels[j*3:j*3+3], fontsize=9, rotation=90)
axes[4,4].set_xticks([0.5])
axes[4,4].set_xticklabels(["category"], fontsize=9, rotation=90, fontweight="bold")
cax = fig.add_axes([0.9,0.5,0.03,0.44])
fig.colorbar(im, cax=cax)
plt.subplots_adjust(bottom=0.2, top=0.94, right=0.86)
plt.show()
如果不是所有的行或列中具有相同數目的數據點,但如果數據點沿着一行或一列相同,該解決方案將仍然正常工作。然後您需要調整gridspec的height_ratios
或width_ratios
,例如,如果第二列具有沿x方向,而不是3 5個數據點,你會打電話
gridspec_kw={"width_ratios":[3,5,3,3,1]}
OFG過程中的循環將需要適應佔不同數量的蜱等
這是偉大的感謝。如果列或行的大小不相等,這是否仍然有效,同時保留每個數據點的大小? – GWW
如果我理解正確,你想擁有一行中有15個數據點而不是10個?只要完整的行具有相同的點數,那就行得通了。相同的列。我用一段關於此的更新了答案。 – ImportanceOfBeingErnest
這真的很有幫助謝謝。我不知道gridspec的寬高比。我一直在使用'add_axes'手動添加每個軸來繪製這樣的圖 – GWW