在Ubuntu 16.04上安裝Rmpi VirtualBox

我在VM VirtualBox上創建了一個新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64機器，我希望能夠在Rmpi中使用R環境。在Ubuntu 16.04上安裝Rmpi VirtualBox

以下兩種方法都會給出類似的錯誤。

更新簡化預建立的二進制方法：

當Ubuntu的已安裝的I開了一個終端並執行以下命令：

~$ sudo apt-get update 
~$ sudo apt-get install openmpi-bin 
~$ sudo apt-get install r-base 
~$ sudo apt-get install r-cran-rmpi 
~$ R

這打開了R端子和我調用後續功能導致出現錯誤：

> library(Rmpi) 
libmpi.so: cannot open shared object file: No such file or directory 
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details: 
call: fun(libname, pkgname) 
error: Cannot start MPI_Init(). Exit 
Error: package or namespace load failed for ‘Rmpi’

我嘗試過的其他方法inc inc lude使用本地OpenMPI安裝，並使用R功能install.packages安裝Rmpi軟件包（請參閱下文）。這些都導致了相同的錯誤。

我也試過用MPICH代替~$ sudo apt-get install mpich作爲上述過程中的第二個命令（包括使用R函數來安裝軟件包），這會導致更加繁重的運行時錯誤。

有誰知道我做錯了什麼，或者我能做些什麼來解決這個安裝錯誤？

或者，任何人都可以使用任何Linux發行版或帶有預裝組件的映像成功安裝帶有Rmpi的VirtualBox機器？

原始本地安裝方法：

我按照上this blog說明下載的openmpi版本2.1.0，編譯和安裝它。然而，當我嘗試R中與安裝：

> install.packages("Rmpi", configure.args = 
    c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/openmpi/include", 
    "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/openmpi/lib", 
    "--with-Rmpi-type=OPENMPI", 
    "--with-mpi=/home/jormunr/openmpi/"))

它提供了以下錯誤

Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details: 
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
    error: unable to load shared object '/home/jormunr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rmpi/libs/Rmpi.so': 
libmpi.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed

我可以看到「libmpi.so.20」文件是在/ home/jormunr/openmpi/lib，我將其作爲安裝的參數之一提供。

來源

2017-03-29 Jörmunr

''sudo apt-get install r-cran-rmpi'，因爲我們確實有Rmpi作爲預構建二進制文件。如果您必須使用本地OpenMPI安裝，請檢查autoconf代碼。 –

在啓動R之前執行'export LD_LIBRARY_PATH =/home/jormunr/openmpi/lib：$ LD_LIBRARYP_PATH'。您也可以將它放在shell的啓動文件中。它將允許運行時鏈接編輯器查找MPI庫。 –

@DirkEddelbuettel - 感謝您的評論。我很高興使用預建立二進制。我嘗試使用'sudo apt-get install r-cran-rmpi'來獲取二進制文件，但是當我進入R並加載了'library（Rmpi）'時，我得到了相同的錯誤： libmpi.so：can not打開共享目標文件：無此文件或目錄錯誤：.inLoad在'Rmpi'的loadNamespace（）中失敗，詳細信息：調用：fun（libname，pkgname）錯誤：無法啓動MPI_Init（）。退出錯誤：'Rmpi'包或命名空間加載失敗 –

[免責聲明：我不是Linux專家，只是具有用戶級別的技能。從專家的任何捐款或更正，將不勝感激。]

預構建二進制方法

雖然嘗試各種方法來安裝預編譯的二進制我沒拿到這個選項奏效。這涉及在終端中執行命令'sudo apt-get install r-cran-rmpi'來安裝r-cran-rmpi預編譯軟件包，該軟件包也會自動安裝列出的先決條件libopenmpi1.10軟件包。但是，libmpn.l0文件中沒有包含libmpi.so文件，但Rmpi庫預期會在R環境中導致無法找到該文件的錯誤。

本地安裝方法

本地安裝並最終與一些修改成功。我使用默認設置創建了一個新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64 VirtualBox映像，除了2048MB的內存和32GB的硬盤空間。安裝後，我打開一個終端並執行the Jovinge Lab website中的命令，其中包含修改運行時鏈接編輯器路徑的penultimate命令，並使R的install.package（）函數能夠找到'libmpi.so'文件。（也改變了版本1.10.6到，因爲這是版本1的最新版本發佈 - 見下面的第2版）

~$ cd /home/jormunr 
~$ wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/downloads/openmpi-1.10.2.tar.gz 
~$ tar -zxvf openmpi-1.10.6.tar.gz 
~$ cd openmpi-1.10.2 
~$ ./configure --prefix=/home/jormunr 
~$ make 
~$ make install 
~$ sudo apt-get install r-base 
~$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/jormunr/lib:$LD_LIBRARY_PATH 
~$ R

這將打開的R端子和我調用函數：

> install.packages("Rmpi", configure.args = 
+ c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/include/", 
+ "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/lib/", 
+ "--with-Rmpi-type=OPENMPI", 
+ "--with-mpi=/home/jormunr/"))

現在，這沒有錯誤執行，我可以用下列R-語句測試：

> library("Rmpi") 
> mpi.spawn.Rslaves() 
master (rank 0, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla 
slave1 (rank 1, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla 
> mpi.close.Rslaves() 
[1] 1 
> mpi.quit()

當我試圖此過程中與的openmpi版本2.1.0安裝成功完成，但ABO測試有問題; mpi.spawn.Rslaves（）函數完成，但mpi.close.Rslaves（）沒有完成 - 它從未返回並且終端被掛起。

來源

2017-04-02 12:32:03

在Ubuntu 16.04上安裝Rmpi VirtualBox

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