如何修改GenBank記錄的序列？

我想要做的是在基因組文件中將所有非推定的GenBank記錄序列製成小寫字母。如何修改GenBank記錄的序列？

到目前爲止，我設法獲得gbk中蛋白質的開始和結束位置。從那裏我做到以下幾點：

start = feature.location.nofuzzy_start 
end = feature.location.nofuzzy_end 
gb_record.seq[start:end]

現在我已經在基因組序列的開始和結束位置。但是，我如何修改基因組文件？ gb_record.seq[start:end].lower()或類似的東西沒有伎倆。

當我指定gb_record.seq = gb_record.seq[start:end].lower時，我更換基因組文件時顯然出錯。有任何想法嗎？

來源

2012-03-12 Jasper

解決方案：找到了解決辦法，但不是一個真正的biopython解決方案。首先將genome.seq文件放入基因組字符串文件中。基因組= STR（gb_record.seq）然後同時通過gb_record.featers去開始= feature.location.nofuzzy_start 端= feature.location.nofuzzy_end 上部=基因組中[開始：結束] 低級=基因組[開始：結束] .lower（） genome = genome.replace（upper，lower）.......對不起格式化，但我不能給自己解決方案（不允許） – Jasper 2012-03-12 10:07:52

Bio.Seq.Seq對象有一個lower()方法，可以做你想要的。

工作了你的代碼，你會得到：

seq_lower = gb_record.seq.lower()

然後，您應該能夠使用SeqIO模塊寫出來的小寫字母序列文件。

from Bio import SeqIO 

with open("example.fasta", 'w') as handle: 
    SeqIO.write(lower_records, handle, 'fasta')

來源

2012-04-01 22:08:39

如何修改GenBank記錄的序列？

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