Pheatmap錯誤hclust（d，method = method）中的錯誤：NA/NaN/Inf在外部函數調用中（參數11）

我試圖用r包中的pheatmap創建一個帶有基因表達值的熱圖。我已經無數次地使用過代碼，直到今天仍然沒有問題。看來，當我做scale =「row」時，我最終會出現這個錯誤。我無法創建z分數。所以可能有些行沒有變化，這是發生。我怎樣才能擺脫這一點。矩陣有1100個rown和9個列。下面是代碼我使用Pheatmap錯誤hclust（d，method = method）中的錯誤：NA/NaN/Inf在外部函數調用中（參數11）

data<-read.table("~path/DEGs_DESeq.txt",sep="\t") 
data2<-as.matrix(data[,2:9]) 
data3<-data2[-1,] 
samples<-data2[1,] 
genes<-data[2:length(data2[,1]),1] 
vett<-as.numeric(data3) 
data4<-matrix(vett,length(genes),length(samples), dimnames=list(paste(genes),paste(samples))) 
head(data4) 

pheatmap(as.matrix(data4),col=bluered(200), scale="row", key=T, keysize=1.5,density.info="none", trace="none",cexCol=0.6, fontsize_row = 8,,fontsize_col = 10)

錯誤hclust（d，方法=方法）： NA/NaN的/ INF在外部函數調用（ARG 11）

我怎樣才能擺脫這個錯誤？

來源

2015-05-20 vchris_ngs

我有同樣的問題，你的評論是非常有用的解決問題。你應該把它列爲答案。此代碼是我使用的：'counts_filtered_df < - counts_df [apply（counts_df，MARGIN = 1，FUN = function（x）sd（x）！= 0）]]' – user5359531

我實際上解決了這個問題..我必須在執行z分數計算時刪除沒有SD出現的行並重新構建熱圖。謝謝

來源

2016-10-27 23:42:25

Pheatmap錯誤hclust（d，method = method）中的錯誤：NA/NaN/Inf在外部函數調用中（參數11）

回答

相關問題