混合面和散點圖在一個單一的3D繪圖

我學習圍繞具體的海底結構鯨的分佈格局。我試圖創建一個交互式3D圖表示在同一時間：混合面和散點圖在一個單一的3D繪圖

水深作爲表面（x =經度，y =緯度，z =深度），和
地理位置鯨組（x =經度，y =緯度，z =固定深度-30米例如）。

座標投影在UTM座標系。

我通常與R和ggplot2包用於產生數字工作。在這裏，plotly包似乎是一個不錯的選擇。

我從水深柵格bathy_ras開始，點數據框爲points。

> bathy_ras 
class  : RasterLayer 
dimensions : 784, 821, 643664 (nrow, ncol, ncell) 
resolution : 102, 111 (x, y) 
extent  : 755070, 838812, -2612148, -2525124 (xmin, xmax, ymin, ymax) 
coord. ref. : +proj=utm +zone=58S +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : in memory 
names  : bathymetry 
values  : -1949.42, -34.27859 (min, max) 
> str(points) 
'data.frame': 214 obs. of 3 variables: 
$ x: num 774264 777293 775476 773430 773284 ... 
$ y: num -2534165 -2533556 -2531012 -2532904 -2533695 ... 
$ z: num -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 ...

我不能找到一種方法，我的兩個數據集結合在同一張圖/同一軸線上。我嘗試了兩種方法，但沒有給我想要的輸出。

1）創建使用plotly包在Rstudio劇情。

#convert raster into a matrix of bathymetry values 
bathy_matrix <- as.matrix(bathy_ras) 
> str(bathy_matrix) 
    num [1:784, 1:821] -362 -365 -367 -369 -371 ... 

#create interactive plot 
p <- plot_ly(z=bathy_matrix, type="surface",showscale=FALSE) 
#this works fine, it get a 3D interactive surface plot of the seabed 

#but if I try to add the "points" layer it doesn't show on the plot 
p <- plot_ly(z=bathy_matrix, type="surface",showscale=FALSE) %>% 
    add_trace(x = gp_seamounts_df$utmx, y = gp_seamounts_df$utmy, z = gp_seamounts_df$z, type = "scatter3d", mode = "markers", showscale=FALSE, opacity=0.98)

2）完全從plotly網站創建的情節。首先我轉換光柵「bathy_ras」到含有座標的所有點的矩陣（X，Y）和深度z

#convert raster into a dataframe 
bathy_df <- as.data.frame(coordinates(bathy_ras)) 
bathy_df$z <- values(bathy_ras) 
> str(bathy_df) 
'data.frame': 643664 obs. of 3 variables: 
$ x: num 755121 755223 755325 755427 755529 ... 
$ y: num -2525179 -2525179 -2525179 -2525179 -2525179 ... 
$ z: num -362 -361 -360 -359 -358 ...

我創建了一個plotly帳戶。我在我的密謀帳戶中導入了兩個數據框作爲.txt文件：bathy_df和points。

這會在plotly帳戶兩個網格。我可以輕鬆地爲這兩個數據框架編寫兩個單獨的3D圖：一個是曲面圖（如下所示），另一個是散點圖。我嘗試將散點圖包含在曲面圖中作爲本教程後面的新軌跡（http://help.plot.ly/update-a-graphs-data/），但如果散點圖是3D的，則「插入」選項似乎不可用。 surface plot produced from the plotly web interface

是否有可能一個scatter3D和plotly表面情節結合起來？

注：我在combinaison試圖raster::persp與points()但我不會因表面的情節，這就是爲什麼我寧願用plotly和/或ggplot2做到這一點的一般審美非常滿意。

來源

2016-03-17 S.Derville

我相信你在做什麼應該可以正常工作。我認爲這可能與你的x和y座標有關。曲線圖使用1:ncol(bathy_matrix)作爲x軸，而1:row(bathy_matrix)作爲y軸指向（如果您願意，請使用tick）。

你點將必須在這個範圍內的X和Y座標，爲他們在曲面圖顯示出來。下面是一個簡單的例子。

set.seed(123) 

x = sample(1:ncol(volcano), size = 50) 
y = sample(1:nrow(volcano), size = 50) 

z = c() 

for(i in 1:50) {z <- c(z, volcano[y[i], x[i]])} 

df <- data.frame(x, y, z) 

plot_ly(z = volcano, type = "surface") %>% 
    add_trace(data = df, x = x, y = y, z = z, mode = "markers", type = "scatter3d", 
      marker = list(size = 5, color = "red", symbol = 104))

我得到這個：

希望這有助於...

來源

2016-03-17 05:05:24 royr2

謝謝alistaire，這確實很有用。我的點的座標不在我矩陣的範圍內，這就是爲什麼他們沒有出現在劇情上。我必須將這些座標重新調整到我的矩陣（'Xrange = [1：ncol）'的大小（最初UTM lat/long，'Xrange = [755100：838800]'，'Yrange = [ - 2612000，-2525000]'）（bathy_matrix）]'，'Yrange = [1：nrow（bathy_matrix）]'），然後使用plot_ly然後它就起作用了。 –

混合面和散點圖在一個單一的3D繪圖

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