處理SIGPIPE錯誤

以下snakemake腳本：處理SIGPIPE錯誤

rule all: 
    input: 
     'test.done' 

rule pipe: 
    output: 
     'test.done' 
    shell: 
     """ 
     seq 1 10000 | head > test.done 
     """

失敗，出現以下錯誤：

snakemake -s test.snake 

Provided cores: 1 
Rules claiming more threads will be scaled down. 
Job counts: 
    count jobs 
    1 all 
    1 pipe 
    2 

rule pipe: 
    output: test.done 
    jobid: 1 

Error in job pipe while creating output file test.done. 
RuleException: 
CalledProcessError in line 9 of /Users/db291g/Tritume/test.snake: 
Command ' 
     seq 1 10000 | head > test.done 
     ' returned non-zero exit status 141. 
    File "/Users/db291g/Tritume/test.snake", line 9, in __rule_pipe 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 55, in run 
Removing output files of failed job pipe since they might be corrupted: 
test.done 
Will exit after finishing currently running jobs. 
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

返回非零退出狀態141似乎是說，snakemake有解釋抓到了由head發送的SIGPIPE失敗。我想嚴格來說，snakemake在捕捉失敗方面做得正確，但我想知道是否可以忽略像這樣的一些類型的錯誤。我有一個使用head命令的snakemake腳本，我試圖找到解決這個錯誤的方法。

來源

2017-10-04 dariober

是的，Snakemake在默認情況下會設置pipefail，因爲在大多數情況下，這是人們隱含期望的。您可以通過預先設置'set + o pipefail; '給shell命令。 –

謝謝！如果您將其作爲答案發布，我會接受它。 – dariober

是的，Snakemake在默認情況下會設置pipefail，因爲在大多數情況下，這是人們隱含的期望。您可以通過預先將set +o pipefail;添加到shell命令來禁用特定命令。

來源

2017-10-07 15:27:43

謝謝。也許只是一個警告的提示......應該小心使用'set + o pipefail'，因爲它會使得一個破碎的命令像這樣'seq 1 10000 | FooBar | head> {output}' – dariober

確切地說，這就是爲什麼Snakemake默認啓用pipefail的原因。 –

以某種方式笨重的解決方案是將|| true附加到腳本。這將使命令始終徹底退出，這是不可接受的。檢查腳本是否實際succeded可以查詢數組變量${PIPESTATUS[@]}，以確保它包含預期的退出代碼：

這個腳本是確定的：

seq 1 10000 | head | grep 1 > test.done || true 
echo ${PIPESTATUS[@]} 
141 0 0

這是不正常：

seq 1 10000 | head | FOOBAR > test.done || true 
echo ${PIPESTATUS[@]} 
0

來源

2017-10-05 08:28:35 dariober

處理SIGPIPE錯誤

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