snakemake

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    Snakemake規則

    我想使用snakemake製作一個生物信息學流水線，並使用Google搜索它並閱讀文檔和其他內容，但是我仍然不知道如何使它工作。 這是我的一些原始數據文件。 RAWDATA/010_0_bua_1.fq.gz，RAWDATA/010_0_bua_2.fq.gz RAWDATA/11_15_ap_1.fq.gz，RAWDATA/11_15_ap_2.fq.gz ...他們都是配對的文件。） 這裏是我
    bioinformatics snakemake 2017-09-25

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    如何在snakemake輸出中執行簡單的字符串操作

    我正在創建我的第一個snakemake文件，並且我需要對我的output的值執行簡單的字符串操作，以便我的shell命令按預期工作： rule sketch: input: 'out/genomes.txt' output: 'out/genomes.msh' shell: 'mash sketch -l {input} -k 31 -s
    python snakemake 2017-09-26

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    Snakemake：CalledProcessError在多個文件上運行BWA時

    我有一個包含多個子文件夾的文件夾，每個子文件夾都包含我希望與基因組對齊的.fastq文件。我正在嘗試爲它創建一個snakemake工作流程。首先，我使用通配符訪問每個子目錄及其中的文件。然後我使用擴展函數來存儲文件的所有路徑，並編寫規則將文件映射到基因組。代碼如下： from snakemake.io import glob_wildcards, expand import sys
    snakemake 2017-09-26

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    處理SIGPIPE錯誤

    以下snakemake腳本： rule all: input: 'test.done' rule pipe: output: 'test.done' shell: """ seq 1 10000 | head > test.done """ 失敗，出現以下錯誤： snakemake -s test.s
    snakemake sigpipe 2017-10-04

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    正確訪問cluster_config「__default__價值觀

    我有一個cluster.json文件看起來像這樣： { "__default__": { "queue":"normal", "memory":"12288", "nCPU":"1", "name":"{rule}_{wildcards.sample}", "o":"logs/cluster/{wildcards.sa
    snakemake 2017-10-13

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    snakemake是用於處理輸出中介工作流程的正確工具

    我是新手，嘗試使用snakemake（上週左右），以便處理較少的工作流細節，以前我編寫了自己的特定工作流程通過python。 我生成了一個小工作流程，其中的步驟之間將使用Illumina PE讀取並運行Kraken對他們。然後，我會解析Kraken輸出的輸出，以檢測最常見的物種（在一組允許範圍內），如果沒有提供物種值（使用snakemake運行-s test.snake --config R1_r
    bioinformatics snakemake 2017-10-19

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    Snakemake：將具有不同後綴的輸入合併爲相同後綴輸出

    好吧，我一直試圖整天解決這個問題，但無濟於事......我正在下載和分析RNA測序數據，並且我的分析結合了公共數據集有兩種形式：單端讀取和雙端讀取。從本質上說，每個原始文件，我的工作流程開始工作就可以是一個單獨的文件名爲{sample}.fastq.gz兩個文件，分別命名爲{sample}_1.fastq.gz和{sample}_2.fastq.gz。 我有一個元數據文件中的所有樣品及其讀取佈局（
    python snakemake 2017-10-20

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    多個 「PARAMS」 文件

    我有以下Snakemake文件： rule test: params: a = "a" shell: "echo {params.a}" 預期其中一期工程： $ snakemake a 但是當我添加第二個參數，我得到一個錯誤： rule test: params: a = "a" b = 5 shell
    snakemake 2017-09-13

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    Snakemake：規則產生奇怪的結果

    我創建這個規則： rule picard_addRG2: input: "mapped_reads/merged_samples/{sample}.dedup.bam" output: "mapped_reads/merged_samples/{sample}_rg.dedup.bam" params: sample_idi = c
    snakemake 2017-09-19

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    snakemake如何編碼對analisys

    我想使用gatk重新校準使用對樣本（腫瘤和正常）。我需要使用熊貓來解析數據。這就是我所寫的。 expand("mapped_reads/merged_samples/{sample[1][tumor]}/{sample[1][tumor]}_{sample[1][normal]}.bam", sample=read_table(config["conditions"], ",").iterrows
    bioinformatics snakemake 2017-09-19
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