重新定義的函數在R包

我試圖修改和通過首先定義一個函數重新定義的函數在R包

my.xcmsRaw <- function(filename, profstep = 1, profmethod = "bin", 
        profparam = list(mzcorrf=1), # PATCH - mzcorrf is the m/z correction factor, e.g. 0.99888 for long-chain hydrocarbons 
        includeMSn = FALSE, mslevel=NULL, 
        scanrange=NULL) { ... }

然後鍵入

unlockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms")) 
assign("xcmsRaw", my.xcmsRaw, as.environment("package:xcms")) 
lockBinding("xcmsRaw", as.environment("package:xcms"))

然而，當重新定義中的R包。LCMS一個函數（xcmsRaw）我運行它，它給我造成它沒有找到profBinM功能，這是一個C代碼本功能的錯誤

Error in get(as.character(FUN), mode = "function", envir = envir) : 
    object 'profBinM' of mode 'function' was not found

在xcms軟件包的文件xcms.c中定義。

有關如何解決此問題的任何想法？（我的工作在Windows 7下，，使用R版本3.0.0）

來源

2013-05-01 Tom Wenseleers

您是否嘗試過'assignInNamespace（）'，例如[this example]（http://stackoverflow.com/questions/15505607/diagonal-labels-orientation-上x軸合熱圖/ 15506652＃15506652）？在你的情況下，你會使用'assignInNamespace（x =「xcmsRaw」，value =「my.xcmsRaw」，ns = asNamespace（「xcms」））''。 – 2013-05-01 12:18:33

感謝您的建議，只是試過，但它仍然給我同樣的錯誤不幸... – 2013-05-01 12:21:16

有趣的。只是要精確/清楚，'profBinM（）'是一個R函數包裝一個C函數。 – 2013-05-01 12:30:41

感謝約什 - 在我的情況下，我得到了它現在可以通過

modifline='if ((profparam$mzcorrf!=1)&length(unique(rawdata$mz - trunc(rawdata$mz)))!=1) {rawdata$mz=rawdata$mz*profparam$mzcorrf} else if (profparam$mzcorrf!=1) {print("Exact masses were already rounded to nominal masses");profparam$mzcorrf=1}' 
insertatline=6 
trace(xcmsRaw, tracer=modifline,at=c(insertatline))

工作在那裏我找到了正確的路線使用插入我的修改後的代碼

as.list(body(xcmsRaw))

爲了抑制然後我限定的第二函數

xcmsRaw2=function(...) {sink("NUL");obj=xcmsRaw(...);sink();return(obj) }

跡線的輸出，可被調用並且不提供任何不必要的跟蹤輸出。

儘管如此，通過assignInNamespace（）也可以很好地工作，因爲這樣可以實現更廣泛的編輯/重定義以及函數參數的更改（這將是重新定義函數的常見原因，即，採取一些額外的論據）...

來源

2013-05-01 13:17:17

太棒了！我同意，這感覺像一個黑客，但它的概率。直到你找到更靈活/優雅的解決方案之前，它總比沒有好。 – 2013-05-01 13:18:22

是的，這是對的 - 再次感謝您的時間和幫助！ – 2013-05-01 13:19:35

哦，是的，是否有任何方法可以抑制跟蹤輸出？現在每次我調用xcmsRaw時，它都會打印出「跟蹤xcmsRaw（文件[samplenr]，profstep = profst，profmethod =」bin「，....步驟6」 - 但是我想要抑制這個輸出。這樣做？ – 2013-05-02 11:36:17

重新定義的函數在R包

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