R - 如何重新加載函數（或更改包優先級）

Question

我正在使用Matrix庫來處理稀疏矩陣。偶爾，我需要運行一個使用Bioconductor軟件包的函數，它依賴於S4Vectors庫。不幸的是，Matrix中的「colSums」函數與S4Vectors中的「colSums」函數衝突。因此，當我運行這個函數時，它會打破我的「colSums」函數，這真的很煩人。

我知道有這個問題，有兩種常用的解決方案： 1）根據Bioconductor的包加載矩陣庫前 - 但是，我很少使用這個功能，所以我寧願只加載Bioconductor的包時我需要它。 2）不是調用「colSums」，而是調用「Matrix :: colSums」 - 然而，這是非常不方便的，我需要改變我的整個代碼庫。

理想情況下，我只需加載Bioconductor軟件包，運行我的功能，然後通過卸載Bioconductor軟件包或重新加載Matrix軟件包來清理我的環境。但是，我很難做到這些。首先，是否可以重新加載Matrix :: colSums（以便替換S4Vectors :: colSums）？其次，當我嘗試卸載S4Vectors時，R抱怨，因爲許多其他軟件包依賴於它。

所以除了S4Vectors爲什麼有一個函數與R中最常用的稀疏矩陣包衝突這個明顯的問題之外，我想知道這個問題的最佳解決方案是什麼？簡單地重新加載一個軟件包不可能很困難，對嗎？

Answer 1

正如您所知，正確的方法是編寫Matrix::colSums。

一個簡單的解決方案，這並不需要重寫你的代碼將添加一行

colSums <- Matrix::colSums 

地方在你的代碼。那麼這colSums屬於你的全球環境，因此在任何其他圖書館之前。

編輯

我發現了一個更好的解決方案。 我將用plyr和dplyr進行演示，因爲它們都具有arrange功能並導致衝突。

示例1。 dplyr稍後加載，因此獲勝。

library(plyr) 
library(dplyr) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:dplyr> 

例2 plyr勝

# unload libraries 
unloadNamespace("plyr") 
unloadNamespace("dplyr") 
library(dplyr) 
library(plyr) 
environment(arrange) 

的關鍵是搜索順序，您可以通過search功能找到。 下面，你可以看到plyr之前dplyr。

search() 
# [1] ".GlobalEnv"  "package:plyr"  "package:dplyr"  "tools:rstudio"  
# [5] "package:stats"  "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils"  
# [9] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"   "package:base" 

例3.你可以在搜索列表中指定要加載庫的位置; pos的說法。

unloadNamespace("plyr") 
unloadNamespace("dplyr")  

library(plyr) 
library(dplyr, pos=length(search())) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:plyr> 

search() 
# [1] ".GlobalEnv"  "package:plyr"  "tools:rstudio"  "package:stats"  
# [5] "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils"  "package:datasets" 
# [9] "package:methods" "Autoloads"   "package:dplyr"  "package:base" 

總之，你可以加載Bioconductor庫給予了大量的pos。 這就是說，你說Bioconductor取決於S4Vector和S4Vector是造成衝突的原因之一。不幸的是，由於require聲明在Bioconductor包內，因此您無法直接控制依賴包的位置。
一種解決方法是，您加載S4Vector先用pos選項，然後加載Bioconductor：

library(S4Vector, pos=10) # replace 10 by an appropriate large number 
library(Bioconductor) 

然後，S4Vector將被放置在搜索順序Matrix後。

又一解決方案

如果你想重裝Matrix，那麼你也可以不喜歡：

library(dplyr) 
library(plyr) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:plyr> 

unloadNamespace("dplyr") 
library(dplyr) 
environment(arrange) 
# <environment: namespace:dplyr> 

Answer 2

實施例：

library(lubridate) 

lubdridate日期會取代。彈出一條消息說：下面的對象從'package：base'被屏蔽：date 但是你仍然可以到達原始的日期函數。

base::date() 

所以你沒有看看加載順序。只需具體說明您使用的是哪種功能。