使用annHeatmap2製作帶註釋的熱圖R

試圖在R中使用annHeatmap2製作熱圖（這樣我可以用3個二進制變量以及行名註釋行），熱圖數據和註釋數據與不同列在同一個csv文件中（1：4列中的熱圖數據和之後的二進制註釋）使用annHeatmap2製作帶註釋的熱圖R

我的問題是獲取行上的註釋，因爲下面的代碼強制列上的註釋。

作爲一個補貼問題，我不能在我的生活中關閉樹狀圖/集羣。任何幫助都會很棒。

map1 = annHeatmap2(mydata_matrix[1:4,], ann=list(Col=list(data=pData(mydata_matrix[4:7,]))), cluster=list(Col=list(cuth=3000))) 
plot(map1)

一個例子的數據集被封閉

GeneName wt basal aa basal wt PMA 1h aa PMA 1h var1 var2 var3 
Osm 79.04263765 87.7338764 271.0823488 78.54386727 0 0 1 
Il10 16.19566857 27.7348142 758.0504883 209.5772766 1 1 1 
Nr4a1 2850.181935 2867.378369 41778.06162 12366.60255 0 1 1 
Zfp36 202.9647756 150.495029 1385.650968 535.7451794 1 1 1 
Chka 56.31912295 56.75597066 211.3589101 85.5156186 0 0 0 
Phlda1 3303.725954 4276.452597 56005.96237 23852.14205 0 1 0 
ENSMUST00000107563 133.9562031 139.1866568 872.5107413 364.9401856 0 0 0

來源

2014-12-04 Michael Ridley

嘗試排在註釋列表行顯示和集羣狀態「不」沒有集羣：（？見annHeatmap2）

map1 = annHeatmap2(mydata_matrix[1:4,], 
ann = list(Row = list(data=pData(mydata_matrix[4:7,]))), 
cluster = list(status="no"))) 
plot(map1)

來源

2015-02-04 15:28:35 markist

爲了顯示行樹狀圖但隱藏了列的樹狀圖，請使用如下所示的內容： ...,dendrogram = list(Row = list(dendro = as.dendrogram(row.clus)),Col=list(status="hide")),...

此信息可在「創建heatmap使用包Heatplus」小插圖中找到。

來源

2015-03-06 00:11:41 user3574652

使用annHeatmap2製作帶註釋的熱圖R

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