合併染色體Plink

Question

我已經下載了1000G數據集的vcf格式。使用Plink 2.0我已經將它們轉換成二進制格式。 現在我需要合併1-22條染色體。 我使用這個腳本：

${BIN}plink2 \ 
--bfile /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/chr1_1000Gv3 \ 
--make-bed \ 
--merge-list /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/chromosomes_1000Gv3.txt \ 
--out /mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/data/clean/thousand_genomes/from_1000G_web/all_chrs_1000G_v3 \ 
--noweb 

但是，我得到這個錯誤

Error: --merge-list only accepts 1 parameter.

的chromosomes_1000Gv3.txt具有這種格式與染色體2-22文件：

chr2_1000Gv3.bed chr2_1000Gv3.bim chr2_1000Gv3.fam

chr3_1000Gv3.bed chr3_1000Gv3.bim chr3_1000Gv3.fam

....

任何建議可能是什麼問題？

謝謝

Answer 1

--merge-list不能與-bfile結合使用。您只能在一個plink命令中使用--bfile/- bmerge或--merge-list。