ggplot2帶有顏色範圍值的熱圖

Question

我想在ggplot2中製作熱圖。我的玩具數據和代碼是：

set.seed(12345) 
dat <- 
    data.frame(
     Row = rep(x = LETTERS[1:5], times = 10) 
    , Col = rep(x = LETTERS[1:10], each = 5) 
    , Y = rnorm(n = 50, mean = 0, sd = 1) 
    ) 
library(ggplot2) 
p <- ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
     geom_tile(aes(fill = Y), colour = "white") + 
     scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue") 
p 

我想要的配色方案爲這樣的範圍值：

-3 <= Y < -2 ---> Dark Blue 
-2 <= Y < -1 ---> Blue 
-1 <= Y < 0 ---> Light Blue 
0 <= Y < 1 ---> Light Green 
1 <= Y < 2 ---> Green 
2 <= Y <= 3 ---> Dark Green 

任何幫助將得到高度讚賞。謝謝

Answer 1

你有幾個這樣的選擇，但這裏有一個作爲一個起點。

首先，使用cut從Y創建一個因子與適當的範圍：

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE) 

然後繪製使用調色板從RColorBrewer：

ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
     geom_tile(aes(fill = Y1), colour = "white") + 
     scale_fill_brewer(palette = "PRGn") 

該顏色方案在低端比藍色更紫色，但它是c我在啤酒調色板中找不到。

如果你想建立你自己的，你可以簡單地使用scale_fill_manual併爲values參數指定所需的顏色矢量。

Answer 2

目前還不清楚您是否想要不連續的顏色，或者您列出的顏色只是Y範圍內的標記。我將展示兩者。

對於離散的顏色，使用Y1作爲joran定義它

dat$Y1 <- cut(dat$Y,breaks = c(-Inf,-3:3,Inf),right = FALSE) 

然後你就可以得到與特定顏色的情節你列出使用手動規模

p <- ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
     geom_tile(aes(fill = Y1)) + 
     scale_fill_manual(breaks=c("\[-Inf,-3)", "\[-3,-2)", "\[-2,-1)", 
           "\[-1,0)", "\[0,1)", "\[1,2)", 
           "\[2,3)", "\[3, Inf)"), 
         values = c("white", "darkblue", "blue", 
            "lightblue", "lightgreen", "green", 
            "darkgreen", "white")) 
p 

我不知道你想要的-3和3以外的顏色，所以我用白色。

如果你想要一個連續的顏色，從負面的藍色到0的白色到正面的綠色，scale_fill_gradient2都可以工作。

ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
    geom_tile(aes(fill = Y)) + 
    scale_fill_gradient2(low="darkblue", high="darkgreen", guide="colorbar") 

如果要顏色的細節控制，使得映射爲 「darkblue以」 第3 「藍以」 第2 「lightblue」 爲1， 「白色」，在0，等等，然後scale_fill_gradientn會爲你工作：

library("scales") 
ggplot(data = dat, aes(x = Row, y = Col)) + 
    geom_tile(aes(fill = Y)) + 
    scale_fill_gradientn(colours=c("darkblue", "blue", "lightblue", 
           "white", 
           "lightgreen", "green", "darkgreen"), 
         values=rescale(c(-3, -2, -1, 
             0, 
             1, 2, 3)), 
         guide="colorbar")