如何調整熱圖中的顏色範圍.2

在繪製熱圖圖後，我發現我的熱圖不適合解釋，因爲顏色鍵的範圍沒有很好地調整。

正如您在下面看到的，與我的數據分佈相比，顏色鍵範圍非常長（它們在0到4之間）。因此，熱圖中的所有顏色都是綠色的。

如何解決這個問題呢？

以下是我的代碼。（我試圖尋找解決方案，但我沒有找到我的情況下適當的線程。）

library(gplots) 
matrix <- as.matrix(read.delim("bladder",header=FALSE)) 
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete") 
distfunc <- function(x) dist(x, method="euclidean") 
cl.col <- hclustfunc(distfunc(t(matrix))) 
gr.col <- cutree(cl.col, 4) 
heatmap.2(as.matrix(matrix),col=greenred(75),dendrogram=c("col"),trace="none",Rowv=FALSE,margins = c(8,16),cexRow=0.60,cexCol=0.8)

來源

2016-07-17 sclee1

請提供複製數據！ –

確保您設置n在下面的例子中，正確的長度：

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "blue", "green"))(n = 100) 

heatmap.2(as.matrix(matrix), col=my_palette, 
    breaks=colors, density.info="none", trace="none", 
     dendrogram=c("row"), symm=F,symkey=F,symbreaks=T, scale="none")

來源

2016-07-17 18:55:53

如何調整熱圖中的顏色範圍.2

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