用Python中的Scipy進行羣集？ （分層聚類）

Question

我對Python中的Scipy隱藏有點困惑。這是我的源代碼：

import scipy.spatial.distance as dist 
import numpy, scipy 

dataMatrix = numpy.array(matrix) 
distMatrix = dist.pdist(dataMatrix, 'euclidean') 
distSquareMatrix = dist.squareform(distMatrix) 

Y = scipy.cluster.hierarchy.linkage(distSquareMatrix, method='complete') 

我必須使用「distMatrix」或squareform「distSquareMatrix」作爲聚類的輸入？因爲我在其他帖子中看到了這兩種方法。但是輸出是不同的。現在我不確定我必須選擇什麼。

Answer 1

您需要通過濃縮形式的距離矩陣，而不用squareform進行轉換。如果想要更簡單地將距離矩陣作爲二維數組操作，則squareform函數很有用。 scipy.cluster.hierarchy函數使用壓縮格式，目的是在內存中節省大約兩倍。

我希望這會有所幫助。