R中的分層聚類

當我使用hclust函數時出現以下錯誤？我怎麼解決這個問題？我使用Windows 7和2.12.3版本R.R中的分層聚類

的

n_seq <- 250             
mat <- matrix(NA, ncol=n_seq, nrow=n_seq)  
for (idx in 1:n_seq) 
{mat[idx,idx] <- 0.0}   
for(idx in 1:(n_seq-1)) 
{intemp <- read.xls("C:// clustal.xls", sheet = idx); 
mat[(1+idx):n_seq,idx] <- intemp[1:(n_seq-idx), 11]} 

fit <- hclust(as.dist(mat), method="single") 

Error in hclust(as.dist(mat), method = "single") : 
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)

請幫我解決這個問題。

來源

2011-08-19 manjitha

請做一個可重現的例子（見這篇文章的提示：http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example） – nullglob

正如nullglob所說。順便說一句，再讀一遍關於nullglob給你的鏈接的答案。運行你的代碼是不可能的，所以這不是一個可重複的例子。 –

以進行更多調試：嘗試使用'cat'打印索引編號，以便您輕鬆通過，以便您輕鬆分辨哪個表可以解決問題;然後使用'which（！is.finite（mat），arr.ind = TRUE）'來查看距離矩陣中的哪些元素是有問題的 –

出現此錯誤消息是因爲距離矩陣as.dist(mat)的值不正確（NA,NaN或Inf）。如果你看hclust的代碼，外部函數調用的第11個參數（即通過編譯代碼）就是距離矩陣的值，這就是R所抱怨的。默認情況下，外部函數調用不接受NA,NaN或Inf。有關更多信息，請參閱?.Fortran。

來源

2011-08-19 09:29:11 nullglob

R中的分層聚類

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