編譯任何代碼時出現Rcpp錯誤消息：`dyn.load（context $ dynlibPath）中的錯誤：無法加載共享對象'... sourceCpp_96369.so'`

當我嘗試編譯任何代碼時，出現以下錯誤消息碼。下面是一個示例和sessionInfo()的輸出。該示例曾用於工作，但我遇到了RcppArmadillo的問題。所以我安裝了HPC版本的gfortran編譯器，這是一個錯誤。當我試圖編譯某些東西時，R剛崩潰（CRAN也警告HPC版本）。最後，我在CRAN here上安裝了該版本，但現在任何撥打電話cppFunction或sourceCpp都會產生下面的錯誤。我已經嘗試卸載gfortran，R，Rcpp並再次安裝它們。同樣的錯誤。 gfortran -v的輸出有點混亂。有任何想法嗎？

實施例代碼

require("Rcpp") 
cppFunction(' 
    int add(int x, int y, int z) { 
     int sum = x + y + z; 
     return sum; 
    }' 
)

錯誤消息

Error in dyn.load(context$dynlibPath) : 
    unable to load shared object '/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so': 
    dlopen(/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address 
    Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib 
    Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib 
in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

從會話信息輸出

R version 2.15.2 (2012-10-26) 
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit) 

locale: 
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8 

attached base packages: 
[1] stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] Rcpp_0.10.1  boot_1.3-7  xtable_1.7-0  stringr_0.6.1 
[5] mi_0.09-18  arm_1.5-08  abind_1.4-0  R2WinBUGS_2.1-18 
[9] coda_0.14-7  lme4_0.999999-0 Matrix_1.0-9  lattice_0.20-10 
[13] car_2.0-15  nnet_7.3-5  MASS_7.3-22  plyr_1.7.1  
[17] foreign_0.8-51 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] grid_2.15.2 nlme_3.1-105 stats4_2.15.2 tools_2.15.2

版本的編譯器

> gcc -v 
gcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00) 
> gfortran -v 
Using built-in specs. 
Target: i686-apple-darwin8 
Configured with: /Builds/unix/gcc/gcc-4.2/configure --prefix=/usr/local --mandir=/share/man --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --build=i686-apple-darwin8 --host=i686-apple-darwin8 --target=i686-apple-darwin8 --enable-languages=fortran 
Thread model: posix 
gcc version 4.2.3

來源

2012-12-04 user2503795

你可以編譯一些沒有'Rcpp'的東西。例如，當你在'inline'包中運行'？cfunction'中的代碼時會發生什麼？ –

和/或當您嘗試編譯C語言中的三個班輪時，使用C++，...？你可能只是簡單地炸燬了你的工具鏈。 –

''cfunction'中'簡單的Fortran示例'的Romain工作正常，但「使用C代碼的.C約定」和「使用'setCMethod'的替代聲明不起作用。順便說一句，我也安裝了Xcode命令行工具。 Dirk，我會盡力回覆... – user2503795

的不知怎的，我結束了在/usr/local/lib版本的libstdc++.6.dylib。當我使用Rcpp或內聯編譯某些代碼併產生錯誤時，會收到此版本。它似乎覆蓋了/usr/lib中的系統版本。目前，我剛剛更名爲/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib至.../libstdc++.6-SAVE。我不確定這是否會產生其他問題，但Rcpp再次運行，並且?cfunction示例也可以使用！

編輯：它實際上仍然搞砸了。以下是解決當前R會話問題的步驟。 1）用/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib不變地啓動R，2）重命名/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib,3）愉快地使用Rcpp。現在，當我重新啓動R時，仍然收到舊的錯誤消息。我必須再次通過這三個步驟才能在目前的R會議中工作。

來源

2012-12-04 19:41:49 user2503795

你可以看看我的問題http://stackoverflow.com/questions/15101667/error-from-cppfunctionrcpp-under-r-15-2？我有一些類似的錯誤 – Qbik

編譯任何代碼時出現Rcpp錯誤消息：`dyn.load（context $ dynlibPath）中的錯誤：無法加載共享對象'... sourceCpp_96369.so'`

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