睡眠命令扭矩PBS沒有找到，但在外殼

作品中，我們創建一個扭矩PBS文件「testpbs」如下：睡眠命令扭矩PBS沒有找到，但在外殼

#!/bin/sh 
#PBS -N T1272_flt 
#PBS -q batch 
#PBS -l nodes=1:ppn=1 
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out 
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err 

sleep 20

遂以文件testbps。

的qsub testpbs

我們得到了錯誤信息：

更testpbs.sh.err

/var/spool/torque/mom_priv/jobs/8.centos64。 SC：第9行：睡眠：命令找不到

但是，我們在命令行中運行了sleep 20。沒有錯誤發生。

$睡眠20

在此先感謝。

我們跑回聲$ PATH殼，得到了以下幾點：

回聲$ PATH

/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/sbin:/ USR/local/bin目錄：/ sbin目錄：/ bin中：/ usr/sbin目錄：在/ usr/bin中：/ sbin目錄：/ bin中：/ usr/sbin目錄：在/ usr/bin中：在/ usr/X11R6/bin中：/ usr/lib中/ JVM/java的1.7.0-的openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin中：/data/software/cufflinks-2.0.2.Linux_x86_64：/home/amin/bin/blast-2.2.19：/根/ bin中：/ home/amin/bin

我們用qstat -f jobid來審查這項工作的詳細信息。

PBS_O_LOGNAME =阿明，

PBS_O_PATH = /usr/lib64/qt-3.3/bin：的/ usr/local/sbin中：的/ usr/local/bin中： /sbin目錄：/bin：/ usr/sbin：/usr/bin：/ sbin：/ bin：/ usr/sbin：/ usr/bin： /usr/X11R6/bin：/usr/lib/jvm/java-1.7 .0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin： /data/software/cufflinks-2.0.2.Linux_x86_64： /home/amin/bin/blast-2.2.19：/ root/bin：/ home/aimin/bin，

PBS_O_MAIL =的/ var /線軸/郵件/根，

PBS_O_SHELL = /斌/慶典，

PBS_O_LANG =的en_US.UTF-8，

PBS_O_WORKDIR = /數據/軟件/轉矩-4.2.6。1，

PBS_O_HOST = centos64，

PBS_O_SERVER = centos64

感謝larsks的很大幫助。以下作品：

#!/bin/sh 
#PBS -N T1272_flt 
#PBS -q batch 
#PBS -l nodes=1:ppn=1 
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out 
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err 

export PATH=$PBS_O_PATH 
sleep 20

來源

2014-01-21 Eman

嘗試用完整路徑命令（可能/usr/bin/sleep）更換sleep，看看是否改變行爲。如果是這樣，那麼當你的腳本在Torque下運行時，只是有一個不同的（或空的）變量。

您可以（一）繼續使用顯式路徑，或（b）在你的腳本設置$PATH明確，e.g：

PATH=/bin:/usr/bin:/usr/local/bin

來源

2014-01-21 03:15:08 larsks

感謝。我們嘗試**/bin /睡眠20 ** pbs。有用。我們在pbs中嘗試了** echo $ PATH **。它只顯示**/home/amin/bin **。我們使用** qstat -f jobid **來查看此作業的詳細信息。請參閱我頂級帖子的結尾部分。 – Eman

睡眠命令扭矩PBS沒有找到，但在外殼

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