limma中的錯誤 - lmFit - chol2inv：'x'必須是一個方形數字矩陣

我找不到答案，所以我發佈解決方案以防其他人遇到同樣的問題。limma中的錯誤 - lmFit - chol2inv：'x'必須是一個方形數字矩陣

使用Bioconductor的距離的LIMMA包，我有以下錯誤：

> fit <- try(lmFit(matrix, design)) 
Error in chol2inv(fit$qr$qr, size = fit$qr$rank) : 
    'x' must be a square numeric matrix

不是一個非常有用的錯誤消息，但問題是簡單的。你的「矩陣」的rownames不能有任何重複。請選擇

any(duplicated(rownames(matrix)))

並在必要時重命名行。

來源

2016-01-22 sssheridan

這是一個很好的建議，但rowname重複檢查並不能解決我得到的非常類似的錯誤。 – DirtStats

@DStStats如果您想解決您的問題，請提供錯誤信息和可重複的代碼片段，以便其他人可以幫助您！ – sssheridan

謝謝@sssheridan。我用類似的錯誤解決了我的問題。我只是發表該評論，所以其他人會知道上面提到的錯誤也可能有其他來源。 – DirtStats

你的「矩陣」的rownames不能有任何重複。請選擇

any(duplicated(rownames(matrix)))

並在必要時重命名行。

來源

2016-01-22 16:54:18 sssheridan

limma包lmFit()函數確實會對基數chol2inv函數做幾個調用。

在我的Windows R3.2.5環境中更新了一些軟件包後，在將矩陣對象傳遞給lmFit()函數時，在我身上發生了類似的錯誤。安裝R版本3.3.1（再次在Windows操作系統下）確實解決了這個問題：將矩陣對象傳遞給lmFit()（Limma 3.26.9）確實返回了MArrayLM對象，沒有發現chol2inv函數的「抱怨」。

升級到R 3.3.1「您的頭髮中的Bug」可能有望解決其他lmFit()問題。

來源

2016-08-07 21:26:43

limma中的錯誤 - lmFit - chol2inv：'x'必須是一個方形數字矩陣

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