R中差異表達的基因

I have the matrix in the following format : 


ID_REF  GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192 
244901_at 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647 
244902_at 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605 
244903_at 5.412329253 5.352970877 5.06250609 5.305709079 8.365082403 
244904_at 5.529220594 5.28134657 5.467445095 5.62968933 5.458388909 
244905_at 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246 
244906_at 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836

在上面的矩陣中，第一列是基因列表（22810），相應的列對應於不同的啓動子（總共4種不同的類型）。在這種情況下如何找到差異表達的基因？R中差異表達的基因

我想用t檢驗來確定DEG's。在兩種情況下（如控制和處理），我知道要在R中使用多測試包找到DEG。但不知道如何處理四種不同類型的啓動子並確定DEG。

來源

2012-10-16 Stacey John

我看到五列，但只提到四個發起人，有多少樣本（或每個啓動子的樣本）嗎？另外，您有什麼問題：您是否在尋找啓動子的一般效應（無論哪個！）或者您想創建四個基因列表 - 每個啓動子一個？ – January

@ January：實際上總共有8列是每個啓動子的複製品，總共有4個啓動子（有兩個複製品使它成爲8列）我想創建一個差異表達的啓動子列表，以及另一個列表每個prom的基因列表oter。所以我會要求兩種可能性。 –

我可以使用limma軟件包，但不知道如何去做，否則我應該使用方差分析？ –

使用limma包可用於各種微陣列差異表達。它有一個很好的小插圖，可用（連同安裝說明）在其Bioconductorlanding page。如果使用limma，跟進Bioconductor的問題mailing list（但請閱讀小插曲，並有人用一些統計知識第一，如果有必要諮詢。

來源

2012-10-16 12:25:11

R中差異表達的基因

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