R包Limma -contrast矩陣差異表達式

我正在使用limma來分析差異基因表達式。對於建模你需要一個設計和對比矩陣。我只想知道任何人是否有經驗。R包Limma -contrast矩陣差異表達式

假設表達式來自野生型（WT）和突變體（M），並且這些表達式被刺激（S）或未被刺激（U）。對於野生型我有40個表達式值和突變20

所以，當我想知道哪些基因突變體與野生型相比，我應該使用哪種公式對比度矩陣有不同的反應：

Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40)

2011-04-08 stefan

你的問題可能更適合於http://biostar.stackexchange.com/，因爲它不是一個編程問題。 – 2011-04-08 08:19:01

不熟悉limma，但我很確定你不想寫第一個版本 - 你在兩邊都減去M.U，我認爲這是一個錯字。一般來說，這將是正常的，正如在第二個版本，否則你的WT數據可能會淹沒M. – walkytalky 2011-04-08 08:35:28

謝謝，是的，這是一個錯字..我會問在推薦平臺，thx – stefan 2011-04-08 08:42:13

造影，以確定在突變體有不同的反應與野生型相比可能是基因：

makeContrasts('WT - M')

M其中同時指刺激和未刺激的突變體細胞。然而，我懷疑，你可能想要的東西，如：

makeContrasts('WT - M.S', 'WT- M.U')

這將突出WT和任一突變細胞之間的變化。

2012-04-12 11:33:01 csgillespie

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