使用多線程在R中運行shell腳本

我想用命令system（）在R中運行shell腳本（BLAST + in NCBI），但它似乎只使用一個線程，即使我在shell腳本中設置了多個線程。在這種情況下，我應該怎麼做才能使用多線程？使用多線程在R中運行shell腳本

的代碼是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")

我如何與R 16個內核此運行？謝謝！

來源

2017-09-13 S.Wang

隨着並行：

library(parallel) 
ncore = 4 

syscall = system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv") 
mclapply(1:ncore,syscall,mc.cores=ncore)

來源

2017-09-13 18:08:30

什麼是1：4？ –

爲系統調用功能分配的內核數量 –

使用多線程在R中運行shell腳本

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