如何打開一個文本文件作爲python中的字符矩陣？

Question

我有一個包含核苷酸序列列表的.fa文件。它是這樣的

AGCTAGAGAGACTAGACTAGA

GATCAGTACATGATCTAGGAT

GATAGTACATGGGGGATAGAC

我需要以某種方式打開蟒蛇的文件，並含有作爲行線2維數組.fa文件，並在每一列中顯示該文件的一個字母。謝謝你的幫助！！！！

Answer 1

如果您有興趣將矩陣作爲列表列表，可以使用列表理解輕鬆完成。

with open("myfile.fa","rt") as infile: 
    matrix = [list(line.strip()) for line in infile.readlines()] 
    print matrix 

如果，另一方面，你會希望有一個numpy矩陣（注意：這需要你已經安裝了numpy）：

import numpy 

with open("myfile.fa","rt") as infile: 
    matrix = numpy.matrix([list(line.strip()) for line in infile.readlines()]) 
    print matrix