用於Python的C擴展中的SIGSEGV

我有一個Python的C擴展模塊，它使用函數_xdr_read_xtc讀取xtc軌跡。用於Python的C擴展中的SIGSEGV

該模塊內置於.so庫中，沒有問題，大部分時間運行良好。但是，有時我會得到'分段錯誤（核心轉儲）'。

static PyObject * _xdr_read_xtc(PyObject *self, PyObject *args) 
{ 
    int natoms; 
    XDRFILE *xd; 
    xd = (XDRFILE *) malloc(sizeof(XDRFILE)); 
    if (xd == NULL){ 
     return NULL;} 

    XDRFILE *dummy; 
    dummy = xd; 

    if (!PyArg_ParseTuple(args, "ii", &xd, &natoms)){ 
     return NULL; 
    } 

    free(dummy); 

    int step = 0; 
    float time; 
    float prec; 
    matrix box; 
    rvec *x; 
    x = malloc(natoms * sizeof(*x)); 
    if (x == NULL){ 
     return NULL;} 

    // read frame 
    int status = read_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec); 

    if (status == 0 | status == 11){ 
     npy_intp dims[2]= {natoms, 3}; 

     PyArrayObject *matout = (PyArrayObject *) PyArray_SimpleNewFromData(2, dims, NPY_FLOAT, x); 
     PyArray_ENABLEFLAGS(matout, NPY_ARRAY_OWNDATA); 

     PyObject *Frame = Py_BuildValue("Oii", matout, status, step); 
     Py_DECREF(matout); 

     return Frame; 
    } 
    else{ 
     free(x); 
     return NULL; 
    } 
}

當使用Valgrind進行調試時，我得到'進程以信號11（SIGSEGV）的默認動作終止。訪問不在地址0x195688988映射區域內'：

int status = read_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, x, &prec);

代碼中是否有任何明顯錯誤？一個無效的指針可能？或者它可能是一個記憶問題？

謝謝！

來源

2017-06-28 m.al

會[此答案在SO]（https://stackoverflow.com/a/42154502/8051589）有幫助嗎？我認爲'xd'（第一個參數）必須是用'xdrfile_open'打開的文件，'natoms'（第二個參數）必須由'read_xtc_natoms'初始化。 –

感謝您的回覆！我已經檢查過這個帖子，並且我傳遞的xd和natoms參數是xdrfile_open和read_xtc_natoms函數的結果 –

您在xd中分配內存以保存XDRFILE。然後，您將xd移動到dummy，解析整數（文件句柄？）並將其放入xd/dummy。然後通過釋放dummy免費xd。然後你打電話read_xtc(xd, ...，這將訪問free'd內存。如果你的內存分配器決定放開那個頁面，你會得到一個SIGSEGV。

將free(dummy)移至實際不再需要內存的位置。

來源

2017-06-28 08:22:47 user2722968

感謝您的回覆！我試圖做的是假的是修復內存泄漏，我實際上並沒有使用它（或者至少我不是故意的）。如果我打印出變量的地址，我得到如下： XD的malloc後：0000000000572910 假：ParseTuple後0000000000572910 XD：ParseTuple後0000000000572790 假：0000000000572910 我會盡量把免費的（虛擬），但我不不認爲這是造成問題的原因。 –

'xd'在'x = malloc（...'的錯誤路徑中泄露，並且'if（status ...'的兩個部分都被泄露，不要僅僅將'xd'的值複製到'dummy'然後釋放'dummy' - 你實際上將釋放'xd'。你需要使用'xdrfile_open（）'來打開文件，它將返回一個'XDRFILE'，這反過來肯定不是一個你可以通過的整數'ParseTuple'。你可能會發現[this]（http://svn.cgl.ucsf.edu/svn/chimera/trunk/libs/Trajectory/formats/Gromacs/_gromacs/_gromacsmodule.cpp）有幫助。 – user2722968

我接受這個答案，因爲鏈接是非常有幫助的！ –

用於Python的C擴展中的SIGSEGV

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