在skbio中使用TabularMSA打開文件句柄

Question

嘿有skbio團隊。

所以我需要允許DNA或RNA MSA。當我執行以下操作時，如果省略alignment_fh.close（），skbio會讀取except塊中的「非標題」行，這讓我認爲我需要先關閉文件，以便從頭開始，但如果我添加alignment_fh.close（）我無法讀取文件。我試圖通過各種方法打開它，但我相信TabularMSA.read（）應該允許文件或文件句柄。思考？謝謝！

try: 
    aln = skbio.TabularMSA.read(alignment_fh, constructor=skbio.RNA) 
except: 
    alignment_fh.close() 
    aln = skbio.TabularMSA.read(alignment_fh, constructor=skbio.DNA) 

Answer 1

我已經嘗試通過多種方法打開它，但我相信TabularMSA.read（）應該允許文件或文件句柄。

您是對的：scikit-bio通常支持使用打開文件句柄或文件路徑讀取和寫入文件。

你正在運行到的問題是，你的第一個電話TabularMSA.read()讀取打開的文件句柄的全部內容，因此當第二TabularMSA.read()呼叫在except塊內擊中，文件指針已經處於結束打開的文件句柄 - 這就是爲什麼你會得到一個錯誤信息，暗示該文件是空的。

此行爲是故意的;當scikit-bio被賦予一個打開的文件句柄時，它將讀取或寫入文件，但不會嘗試管理句柄的文件指針（該類型的管理取決於代碼的調用者）。如果要求scikit-bio讀取文件路徑（即包含磁盤上文件的路徑或可通過某個URI訪問的字符串），scikit-bio將爲您打開和關閉文件句柄，所以這往往是更簡單的方法。

您可以使用文件路徑或文件句柄來實現您的目標。在以下示例中，假設aln_filepath是str，指向磁盤上的對齊文件（例如"/path/to/my/alignment.fasta"）。

• 隨着文件路徑：你可以簡單地傳遞文件路徑都TabularMSA.read()電話;沒有open()或close()電話是必要的你的一部分。

  try: 
      aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filepath, constructor=skbio.RNA) 
  except ValueError: 
      aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filepath, constructor=skbio.DNA) 
  

• 隨着文件句柄：你需要打開一個文件句柄和讀取第二時間之前重置except塊內的文件指針。

  with open(aln_filepath, 'r') as aln_filehandle: 
      try: 
       aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filehandle, constructor=skbio.RNA) 
      except ValueError: 
       aln_filehandle.seek(0) # reset file pointer to beginning of file 
       aln = skbio.TabularMSA.read(aln_filehandle, constructor=skbio.DNA) 
  

注：在這兩個例子中，我使用except ValueError，而不是一個 「包羅萬象」 except聲明。我建議捕獲特定的錯誤類型（例如ValueError）而不是任何異常，因爲代碼的失敗方式可能與您期望的不同。例如，對於「全面通過」except聲明，用戶將無法使用Ctrl-C中斷程序，因爲KeyboardInterrupt將被捕獲並被忽略。