skbio

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#ERROR「SSE2指令集未啓用」通過PIP

安裝scikit，生物，當我想通過PIP安裝Python庫scikit-生物使用下面的命令： sudo pip install scikit-bio 我的系統上： uname -a Linux grassgis 3.2.0-69-generic-pae #103-Ubuntu SMP Tue Sep 2 05:15:53 UTC 2014 i686 i686 i386 GNU/Linux

python gcc pip sse2 skbio 2014-10-06

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如何獲得`skbio` PCoA（主座標分析）結果？

我正在查看skbio'sPCoA方法（下面列出）的attributes。我是API的新手，我希望能夠獲得eigenvectors和投影到新軸上的原始點，類似於的sklearn.decomposition.PCA，因此我可以創建一些PC_1 vs PC_2樣式的圖。我想出瞭如何獲得eigvals和proportion_explained，但features返回爲None。 這是因爲它在測試？ 如果有

machine-learning linear-algebra scikits dimensionality-reduction skbio 2016-07-14

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future.utils.six在嘗試導入skbio模塊時未找到

我剛剛使用pip3安裝了numpy和scikit-bio。如果我在交互式會話導入DNASequence我得到一個錯誤信息： >>> from skbio.sequence import DNASequence Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> File "/usr/lo

skbio 2014-10-08

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使用scikit-bio編寫多個fasta條目寫入

我想使用scikit-bio讀取FASTA文件條目，然後將某些條目寫回到另一個文件，如果它符合某些要求。我遇到的問題是.write方法似乎打開和關閉一個文件，以便每個條目覆蓋前一個。 In [39]: f = 'seqs.fna' seqs = skbio.io.read(f, format='fasta') for seq in seqs: if seq.m

python bioinformatics skbio 2016-01-13

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在skbio中使用TabularMSA打開文件句柄

嘿有skbio團隊。 所以我需要允許DNA或RNA MSA。當我執行以下操作時，如果省略alignment_fh.close（），skbio會讀取except塊中的「非標題」行，這讓我認爲我需要先關閉文件，以便從頭開始，但如果我添加alignment_fh.close（）我無法讀取文件。我試圖通過各種方法打開它，但我相信TabularMSA.read（）應該允許文件或文件句柄。思考？謝謝！ try

skbio 2017-09-01

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