在OS X上使用clang ++構建RInside示例小牛無法在鏈接上找到STL標準庫

Question

我最近通過OS X 10.9.1上的命令行工具移至C++ 11和Xcode 5，使用Homebrew安裝了boost 1.55，並更改了編譯器從g ++到clang ++（如本文中提到的：Error when with Xcode 5.0 and Rcpp）。在R中運行時，編譯器會更改固定的Rcpp。但是，我在編譯RInside示例時遇到了問題（它曾經工作得很好）。

我重新下載了RInside並解壓tar，進入了examples/standard目錄，並做了make clean和make all。它看起來像任何STL沒有被鏈接到這個目錄。如何使RInside鏈接到Makefile中相應的STL？

我正在使用來自Netbeans的STL在一個單獨的項目和建築使用鏗鏘++在那裏工作。但是，當我在Netbeans上嘗試一個RInside項目時，我遇到了同樣的問題：Undefined symbols for architecture x86_64。我需要在某處下載64位版本的STL或者RInside嗎？

我是否還需要更新/更改某個地方的配置，我下載了一個錯誤的軟件包，還是需要更改示例的Makefile中的設置？

這裏是make all第一個電話：

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/RInside/include -mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion -Wall -I/usr/local/include rinside_callbacks0.cpp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/lib/libRcpp.a /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/RInside/lib/libRInside.a -o rinside_callbacks0 

輸出的開頭：

Undefined symbols for architecture x86_64: 
    "std::string::find_last_of(char, unsigned long) const", referenced from: 
     demangler_one(char const*) in libRcpp.a(api.o) 
    "std::string::find(char const*, unsigned long) const", referenced from: 
     short_file_name(char const*) in libRcpp.a(api.o) 
    "std::string::size() const", referenced from: 
     std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > std::operator+<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >(char const*, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > const&) in libRcpp.a(api.o) 
     MemBuf::add(std::string const&) in libRInside.a(MemBuf.o) 
    "std::string::c_str() const", referenced from: 
     RInside::parseEval(std::string const&, SEXPREC*&) in libRInside.a(RInside.o) 
     SEXPREC* Rcpp::pairlist<Rcpp::Function, Rcpp::traits::named_object<SEXPREC*>, Rcpp::traits::named_object<SEXPREC*> >(Rcpp::Function const&, Rcpp::traits::named_object<SEXPREC*> const&, Rcpp::traits::named_object<SEXPREC*> const&) in libRInside.a(RInside.o) 
     short_file_name(char const*) in libRcpp.a(api.o) 
     string_to_try_error(std::string const&) in libRcpp.a(api.o) 
     Rcpp::RObject::AttributeProxy::set(SEXPREC*) const in libRcpp.a(api.o) 
     demangle(std::string const&) in libRcpp.a(api.o) 
     Rcpp::RObject::AttributeProxy::get() const in libRcpp.a(api.o) 

，並在錯誤信息的末尾：

ld: symbol(s) not found for architecture x86_64 
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 

Answer 1

我在OS X 10.9.1上降級到Xcode 4.6.3並使用鏗鏘++和C++ 11（對Netbeans中的設置沒有其他更改）後，從我的Netbeans中獲得了該示例。它也使用C++ 98在g ++（或clang ++）上工作。它看起來像Xcode 5中的默認庫是libc++（支持C++ 11的LLVM C++標準庫），但我需要鏈接的是libstdc++（GNU C++標準庫 - 用於早期Xcode版本的默認庫）。在改變〜/ .R/Makevars文件CXXFLAGS="-stdlib=libstdc++ -std=c++11 -mtune=native -g -O3 -Wall -pedantic -Wconversion"以及clang++更改後，我得到了要構建的示例。我通過重新升級到Xcode 5並在Netbeans中得到相同的錯誤，但不在樣本上（現在由於libstdc++標誌而生成）來確認行爲。當我在Netbeans中添加-stdlib=libstdc++作爲附加標誌時，它再次構建。

就像一個人如果有人遇到構建示例的問題。 NetBeans中的編譯和鏈接步驟是：

"/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/bin/make" -f nbproject/Makefile-Debug.mk QMAKE= SUBPROJECTS= .build-conf 
"/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr/bin/make" -f nbproject/Makefile-Debug.mk dist/Debug/GNU-MacOSX/callingrproject 
mkdir -p build/Debug/GNU-MacOSX 
rm -f "build/Debug/GNU-MacOSX/main.o.d" 
clang++ -stdlib=libstdc++ -c -g -I. -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/Rcpp/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/RInside/include -I/usr/local/Cellar -std=c++98 -MMD -MP -MF "build/Debug/GNU-MacOSX/main.o.d" -o build/Debug/GNU-MacOSX/main.o main.cpp 
mkdir -p dist/Debug/GNU-MacOSX 
clang++ -o dist/Debug/GNU-MacOSX/callingrproject build/Debug/GNU-MacOSX/main.o -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/Rcpp/lib -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/RInside/lib -L/Library/Frameworks/R.framework/Libraries -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/modules -lRcpp -lRInside -lRlapack -lRblas -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -stdlib=libstdc++ 

的例子構建爲：

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/RInside/include -stdlib=libstdc++ -std=c++11 -mtune=native -g -O3 -Wall -pedantic -Wconversion -Wall -I/usr/local/include rinside_callbacks0.cpp -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRblas -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -lRlapack /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/Rcpp/lib/libRcpp.a /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/RInside/lib/libRInside.a -o rinside_callbacks0 

Answer 2

我建議你研究/遵循關於r-sig-mac列表以及SO的討論（搜索，例如[rcpp] mavericks）。

我懷疑你需要的是擴大你的CXX和CXXFLAGS變量說

CC=clang 
CXX=clang++ 
CXXFLAGS=-stdlib=libc++ -std=c++11 

加任何其他選項，如-O3 -Wall -pedantic。