通過向文件中添加數字（100）來替換字符串（如g1）

我有一個文件，其中包含基因名稱，如g1，g2，g3，g1.t1，g2.t1，g3 .t1 ...，我需要在「g」旁邊的每個數字上添加100爲g101，g102，g103，g101.t1，g102.t1，g103.t1 ... 以下是文件通過向文件中添加數字（100）來替換字符串（如g1）

中的一些行

起始基因g1

Chr1 AUGUSTUS基因3656 5929 0.1 +。 g1 Chr1 AUGUSTUS轉錄本3656 5929 0.1 +。 g1.t1 Chr1 AUGUSTUS tss 3656 3656。 +。 transcript_id「g1.t1」; gene_id「g1」; Chr1 AUGUSTUS外顯子3656 3926。 +。 transcript_id「g1.t1」; gene_id「g1」;

我需要使用sed命令以更新的值替換文件中的所有g1，g2 ...。有沒有人有想法？

最佳，

來源

2012-05-21 Bioinfoguy

這是醜陋的，我敢肯定，有更優雅的解決方案，但這裏的東西開始。

sed -i -e "s/[g]\([0-9]\)/g10\1/g" file

我正在尋找做與sed的實際算術，這似乎是不理想的。我會建議看看awk。

來源

2012-05-21 15:32:22

這適用於提供的測試數據。如果同一行中有幾個基因名稱，即g1和g10，可能會出現錯誤，但看起來並非如此。

gawk '{match($0,"g[0-9]+",ary);i=0;while(length(ary[i])>0){ gsub(ary[i],"g"(int(substr(ary[i],2))+100));i+=1}; print $0}' file

回報：

啓動基因G101

CHR1 AUGUSTUS基因3656 5929 0.1 +。 g101 Chr1 AUGUSTUS轉錄本3656 5929 0.1 +。 g101.t1 Chr1 AUGUSTUS tss 3656 3656。 +。 transcript_id「g101.t1」; gene_id「g101」; Chr1 AUGUSTUS外顯子3656 3926。 +。 transcript_id「g101.t1」; gene_id「g101」;

來源

2012-05-29 13:01:23

snafu$ touch g1 g2 g3 g1.t1 g2.t1 g3.t1 
snafu$ prename -v 's/g(\d+)/sprintf("g%03d",$1+100)/e' g* 
g1 renamed as g101 
g1.t1 renamed as g101.t1 
g2 renamed as g102 
g2.t1 renamed as g102.t1 
g3 renamed as g103 
g3.t1 renamed as g103.t1

-n是一個幹運行 - 它會告訴你提議的重命名而不執行。

prename包含在perl中。

來源

2012-12-20 04:57:24 Reece

一個使用perl方式：

perl -pe 's/g(\d+)/"g".($1+100)/ge' file

結果：

start gene  g101 
Chr1 AUGUSTUS gene  3656 5929 0.1 + . g101 
Chr1 AUGUSTUS transcript 3656 5929 0.1 + . g101.t1 
Chr1 AUGUSTUS tss   3656 3656 . + . transcript_id "g101.t1"; gene_id "g101"; 
Chr1 AUGUSTUS exon  3656 3926 . + . transcript_id "g101.t1"; gene_id "g101";

來源

2012-12-20 15:06:10 Steve

通過向文件中添加數字（100）來替換字符串（如g1）

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