從範圍中提取整數

Question

在R中，從範圍中提取整數的有效方法是什麼？

比方說，我有範圍的矩陣（列1 =啓動，列2 =結束）

1 5 
3 6 
10 13 

我想在矩陣中所有範圍的涵蓋唯一整數存儲到一個對象：

1 
2 
3 
4 
5 
6 
10 
11 
12 
13 

這將應用於包含400萬範圍的矩陣，所以希望有人可以提供一個有點高效的解決方案。

Answer 1

我不知道它是特別有效的，但如果你的範圍的矩陣是ranges那麼下面應該工作：

unique(unlist(apply(ranges, 1, function(x) x[1]:x[2]))) 

Answer 2

使用sequence和rep：

x <- matrix(c(1, 5, 3, 6, 10, 13), ncol=2, byrow=TRUE) 

ranges <- function(x){ 
    len <- x[, 2] - x[, 1] + 1 
    #allocate space 
    a <- b <- vector("numeric", sum(len)) 
    a <- rep(x[, 1], len) 
    b <- sequence(len)-1 
    unique(a+b) 
} 

ranges(x) 
[1] 1 2 3 4 5 6 10 11 12 13 

---

由於這隻使用矢量化代碼，因此即使對於大型數據集，這也應該相當快。在我的機器的一個百萬行輸入矩陣需要約5秒，以運行：

set.seed(1) 
xx <- sample(1e6, 1e6) 
xx <- matrix(c(xx, xx+sample(1:100, 1e6, replace=TRUE)), ncol=2) 
str(xx) 
int [1:1000000, 1:2] 265509 372124 572853 908206 201682 898386 944670 660794 629110 61786 ... 

system.time(zz <- ranges(xx)) 
user system elapsed 
    4.33 0.78 5.22 

str(zz) 
num [1:51470518] 265509 265510 265511 265512 265513 ... 

Answer 3

假設你在數軸上有開始= 3，端= 7，你會標示各爲「1」從1開始

starts:  0 0 1 0 0 0 0 0 0 ... 
ends + 1: 0 0 0 0 0 0 0 1 0 ... 

的開始減去末端的累加和，以及兩者之間的差的累積總和，是

cumsum(starts): 0 0 1 1 1 1 1 1 1 ... 
cumsum(ends + 1): 0 0 0 0 0 0 0 1 1 ... 
diff:    0 0 1 1 1 1 1 0 0 

和1的的在差異中的位置是

which(diff > 0): 3 4 5 6 7 

使用製表以允許多個啓動/在同一位置結束，

range2 <- function(ranges) 
{ 
    max <- max(ranges) 
    starts <- tabulate(ranges[,1], max) 
    ends <- tabulate(ranges[,2] + 1L, max) 
    which(cumsum(starts) - cumsum(ends) > 0L) 
} 

對於這個問題，這給

> eg <- matrix(c(1, 3, 10, 5, 6, 13), 3) 
> range2(eg) 
[1] 1 2 3 4 5 6 10 11 12 13 

這是相當快，爲Andrie的榜樣

> system.time(runs <- range2(xx)) 
    user system elapsed 
    0.108 0.000 0.111 

（這聽起來有點像DNA seque nce分析，其中GenomicRanges可能是你的朋友;您可以在讀取時使用coverage和slice函數，或許使用readGappedAlignments輸入）。

Answer 4

難道不是簡單：

x <- matrix(c(1, 5, 3, 6, 10, 13), ncol=2, byrow=TRUE) 
do.call(":",as.list(range(x))) 
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 

編輯

貌似我得到了棍子的錯誤結束，但我的回答可以被修改爲使用union，雖然這是隻是一個包裝unique：

Reduce("union",apply(x,1,function(y) do.call(":",as.list(y)))) 
[1] 1 2 3 4 5 6 10 11 12 13