擊：替換文件名

我有一個命令我要對所有文件夾的文件中運行的一部分，該命令的語法如下：擊：替換文件名

tophat -o <output_file> <input_file>

我希望做的是一個腳本它循環遍歷任意文件夾中的所有文件，並使用輸入文件名創建相似但不同的輸出文件名。文件名看起來是這樣的：

input name    desired output name 
path/to/sample1.fastq  path/to/sample1.bam 
path/to/sample2.fastq  path/to/sample2.bam

獲取輸入工作似乎很簡單：

for f in *.fastq 
do 
    tophat -o <output_file> $f 
done

我嘗試使用output=${f,.fastq,.bam}，並將它作爲輸出參數，但不起作用。我得到的只是一個錯誤：line 3: ${f,.fastq,.bam}: bad substitution。這是做我想做的事情的方式，還是我應該做其他事情？如果這是正確的方式，我做錯了什麼？

[編輯]：

感謝您的所有答案！獎金的問題，雖然...如果我有一個名爲這個樣子，而不是文件：

path/to/sample1_1.fastq 
path/to/sample1_2.fastq 
path/to/sample2_1.fastq 
path/to/sample2_2.fastq 
...

...在那裏我可以有樣品（sampleX）的任意數，但他們有兩個文件關聯與他們（_1和_2）。該命令現在看起來是這樣的：

tophat -o <output_file> <input_1> <input_2>

所以，還是有隻是一個輸出，爲此，我可以做類似"${f/_[1-2].fastq/.bam}"，但我不能確定如何獲得一個循環，唯一的迭代一旦超過每sampleX在同時採取相關的文件...想法？

[編輯＃2]：

所以，這是沒有的伎倆最終的腳本！

for f in *_1.fastq 
do 
     tophat -o "${f/_1.fastq/.bam}" $f "${f/_1.fastq/_2.fasq}" 
done

來源

2014-09-23 Sajber

您可以使用：

tophat -o "${f/.fastq/.bam}" "$f"

測試：

f='path/to/sample1.fastq' 
echo "${f/.fastq/.bam}" 
path/to/sample1.bam

來源

2014-09-23 14:17:53 anubhava

非常感謝，它做到了！總是有一些小...你有任何想法如何解決我編輯中的問題？ – Sajber 2014-09-24 06:05:43

您可以使用'「$ {f/_ [0-9] .fastq/.bam}」'編輯零件。 – anubhava 2014-09-24 06:08:20

如果你想'path/to/sample.bam'作爲最終輸出，你也可以使用''$ {f/[0-9] _ [0-9] .fastq/.bam}「''' – anubhava 2014-09-24 06:20:53

替代anubhava是簡潔的解決方案，

d=$(dirname path/to/sample1.fastq) 
b=$(basename path/to/sample1.fastq .fastq) 
echo $d/$b.fastq 
path/to/sample1.fastq 

tophat -o "$d/$b.fastq" "$f"

來源

2014-09-23 18:20:56 Vince

不是一個答案，但一個建議：爲生物信息學家，你應該使用GNU make及其選項-j (number of parallel jobs)。 Makefile應該是：

.PHONY:all 
FASTQS=$(shell ls *.fastq) 

%.bam: %.fastq 
    tophat -o [email protected] $< 

all: $(FASTQS:.bam=.fastq)

來源

2014-09-23 19:38:04 Pierre

擊：替換文件名

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