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我想用它來轉換一堆標識符,但我需要確切地知道哪個分類等級被分配給每個分類標準代碼。下面顯示的是一個有意義的轉換示例,但我不知道如何標記某些分類調用。基本的分類等級是:(域,王國,門,類,次序,家庭,屬和物種)https://en.wikipedia.org/wiki/Taxonomic_rank。ete3:如何從分類標識中獲得分類級別名稱?
對於大多數情況下,它很容易,但在細菌的亞種和菌株的情況下,這可能會引起混淆。
如何獲得ete3來指定譜系ID在分類級別中對應的排名?
import ete3
import pandas as pd
ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]
1 root
131567 cellular organisms
2 Bacteria
1224 Proteobacteria
28216 Betaproteobacteria
206351 Neisseriales
481 Neisseriaceae
32257 Kingella
505 Kingella oralis
Name: 505, dtype: object
你應該問http://biostars.org – Pierre
有沒有辦法遷移這樣的問題嗎? –