2017-09-10 133 views
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我想用它來轉換一堆標識符,但我需要確切地知道哪個分類等級被分配給每個分類標準代碼。下面顯示的是一個有意義的轉換示例,但我不知道如何標記某些分類調用。基本的分類等級是:(域,王國,門,類,次序,家庭,屬和物種)https://en.wikipedia.org/wiki/Taxonomic_rankete3:如何從分類標識中獲得分類級別名稱?

對於大多數情況下,它很容易,但在細菌的亞種和菌株的情況下,這可能會引起混淆。

如何獲得ete3來指定譜系ID在分類級別中對應的排名?

import ete3 
import pandas as pd 

ncbi = ete3.NCBITaxa() 
taxon_id = 505 
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id) 
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id) 
Se_lineage[lineage] 


1      root 
131567 cellular organisms 
2     Bacteria 
1224   Proteobacteria 
28216  Betaproteobacteria 
206351   Neisseriales 
481   Neisseriaceae 
32257    Kingella 
505   Kingella oralis 
Name: 505, dtype: object 
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你應該問http://biostars.org – Pierre

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有沒有辦法遷移這樣的問題嗎? –

回答

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使用ncbi.get_rank()得到的{id:name}字典然後做一些基本的轉換來獲得{name:taxonomy}

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