Bioconductor的DNACopy包xxx是不可用（對於R版本3.2.1）

我知道有幾個類似的問題在那裏，特別是這一個： How should I deal with "package 'xxx' is not available (for R version x.y.z)" warning? 答案是有點勢不可擋我，坦率地說，因爲我是不太熟悉R的設置/安裝等。我嘗試了一些解決方案，但沒有得到它的工作。Bioconductor的DNACopy包xxx是不可用（對於R版本3.2.1）

我想要做的就是從這裏安裝一些Bioconductor的包： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation 例如「CNVPanelizer」，但我得到了以下錯誤消息：

> biocLite("CNVPanelizer") 
BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 2.14 (BiocInstaller 1.14.3), R version 3.2.1. 
Installing package(s) 'CNVPanelizer' 
Old packages: 'PSCBS', 'rgl' 
Update all/some/none? [a/s/n]: #--- I tried 'a' and 'n', neither working 
Warning message: 
package ‘CNVPanelizer’ is not available (for R version 3.2.1) #--- this is the error message I got, as shown in my topic title

對於Bioconductor的/ dnacopy網所有包頁面，我得到了同樣的錯誤信息。

任何人都有一個簡單的解決方案？一步一步的指導將高度讚賞！

TIA

這裏嘗試澄清（如回答下面的評論）我想這兩個「一」和「n」選項時，問「更新所有/一些/無[A/S/N]：」。兩者都不起作用。

> library("CNVPanelizer") 
Error in library("CNVPanelizer") : 
there is no package called ‘CNVPanelizer’

如何安裝老版本的Bioconductor？我會谷歌同時... 謝謝。

更新：我試過升級R，Bioconductor，biocinstaller。這適用於本頁列出的一些軟件包： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___CopyNumberVariation 例如exomeCopy。一些安裝了警告;一些錯誤，如CNVPanelizer。並且一個常見錯誤是

Old packages: 'rgl'

在升級R/Bioconductor之前，我看到了'rgl'。有時我看到消息說刪除'rgl'和'rgl'重新安裝。不知道這個'rgl'是什麼......

來源

2015-10-26 Tony Xu

只是爲了檢查一下顯而易見的東西：有命令'source（「http://bioconductor.org/biocLite.R」）; biocLite（）'安裝所有包沒有任何問題或不？你還使用什麼平臺？ –

我使用的是Ubuntu 14.04。正如您在biocLite命令之前提到的那樣運行源代碼，並得到了上面顯示的錯誤。 –

您發佈的輸出中沒有錯誤消息。您還試圖在舊版本的Bioconductor中安裝發行包。首先，如果在被要求更新軟件包時只回答'n'會怎麼樣？另外，請編輯您的帖子，以顯示您從上面的輸出中獲得的任何實際錯誤，但很難說出發生了什麼，可能是因爲CNVPanelizer實際安裝得很好。 –

您正在運行Bioconductor 3.1，但根據landing page for CNVPanelizer，它在Bioconductor 3.2中引入。所以，你應該升級：

library(BiocInstaller) 
biocLite("BiocUpgrade")

那麼你應該能夠安裝CNVPanelizer：

biocLite("CNVPanelizer")

而實際上升級您應該通過調用biocLite()不帶參數升級所有現有的包後。

來源

2015-10-27 02:20:35

感謝您的幫助！請在我原來的帖子中參考我的版本。我認爲你的方法有點奏效，所以無論如何我都會提出你的答案，儘管我仍然有一些問題。 –

我不知道我應該如何找到您的原始帖子。這個頁面上有鏈接嗎？我只能找到別人的帖子鏈接。 –

我的意思是從「Updates：」開始的最後幾行。無論如何，我嘗試並解決了rgl的問題，這就是升級我的Bioconductor後無法安裝某些軟件包的原因。謝謝！ –

Bioconductor的DNACopy包xxx是不可用（對於R版本3.2.1）

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