安裝R bioconductor基因組軟件包

我一直在嘗試使用稱爲seqplots的工具來分析一些測序數據。該工具貫穿生物導體，需要安裝基因組軟件包。該Bioconductor的網站給出瞭如下的安裝說明：安裝R bioconductor基因組軟件包

要安裝這個包，啓動R和輸入：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6")`

如果我在R終端輸入這個我得到以下幾點：

BioC_mirror: https://bioconductor.org 
Using Bioconductor 3.2 (BiocInstaller 1.20.3), R 3.2.4 Revised (2016-03-16 
r70336). 
Installing package(s) ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 
installing the source package ‘BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6’ 

trying URL 'https://bioconductor.org/packages/3.2/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6_1.4.1.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 34147677 bytes (32.6 MB) 
downloaded 32.6 MB 

'\\icnas4.cc.ic.ac.uk\gaughey' 
CMD.EXE was started with the above path as the current directory. 
UNC paths are not supported. Defaulting to Windows directory. 
* installing *source* package 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' ... 
** R 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
*** arch - i386 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
*** arch - x64 
Warning in library(pkg_name, lib.loc = lib, character.only = TRUE, logical.return = TRUE) : 
    there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed for 'i386', 'x64' 
* removing '\\icnas4.cc.ic.ac.uk/gaughey/R/win-library/3.2/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6' 

The downloaded source packages are in 
    ‘C:\Users\gaughey\AppData\Local\Temp\Rtmpcdmz8E\downloaded_packages’`

我已經嘗試安裝其他具有類似結果的基因組，並且無法解決此問題。任何人都可以幫忙嗎？我很可能忽略了一些簡單的東西 - 我是一個R（或者任何編程）的完全新手。我將不勝感激任何幫助。

謝謝，加布裏埃爾

來源

2016-09-23 G. Aughey

嘗試更新您的R版本和bioconductor。我可以毫無問題地安裝它，而且我有'使用Bioconductor 3.3（BiocInstaller 1.22.3），R 3.3.1（2016-06-21）.'而您有'使用Bioconductor 3.2（BiocInstaller 1.20.3）， R 3.2.4修訂'。 – Vandenman

作用似乎像也是同樣的問題描述here，here和here。

我沒有經驗在Windows機器上使用R，但希望它可以幫助。

來源

2016-09-24 11:28:57 taniguti

感謝您的評論。是的，似乎問題與R嘗試使用網絡驅動器有關。 –

不幸的是，雖然我現在明白了這個問題，但我並沒有接近解決這個問題，因爲看起來我只是一個簡單的人，無法理解鏈接中的解決方案！對我來說，最好的解決方法是使用我的家用機器來製作這個特定的工具。 –

我建議您在嘗試biocLite(pkgs = "BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", dependencies = TRUE)之前嘗試運行biocLite("BSgenome")和library(BSgenome)（它存儲給定生物體的全基因組序列）。

來源

2016-10-01 19:23:57 Facottons

安裝R bioconductor基因組軟件包

回答

相關問題