R和並行化

在並行處理中，我是一個新手，我想提供一些建議。R和並行化

我的[R方案具有結構如下：

Data reading 
Preliminary calculations 

vector1 <- array(NA,sim=nsim) 
vector2 <- array(NA,sim=nsim) 
for (i in 1:nsim) 
{ 
some calculations involving some global variables and 
whose results are saved in vector1 and vector2 
} 
Final calculations using vector1 and vector2

這個循環是非常耗時的，我想知道其中R包可以提供我並行化的最佳途徑。你有什麼想法嗎？提前致謝。

來源

2012-10-30 Ludo

該循環很容易重寫以使用'foreach'軟件包。在Linux上，我使用'foreach'和'doMC'後臺有很好的經驗。請參閱[本簡介]（http://cran.r-project.org/web/packages/doMC/vignettes/gettingstartedMC.pdf）。 – Roland

但是，我懷疑這個循環可以被重寫，效率更高。 – Roland

你能重寫一個lapply調用的循環嗎？如果是的話，你可以使用parLapply（從包並行）。 –

這是一個類似的問題： How to make R use all processors? 它比你更模糊一點，所以是正確答案，但它可能會有所幫助

它看起來像你將不得不下載某種包，如 http://cran.r-project.org/web/packages/multicore/index.html 或http://cran.r-project.org/web/packages/doSNOW/index.html

啊，對晚會有點遲。他們是對的，這個foreach看起來非常有用。

來源

2012-10-30 11:32:28

回答

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