UnboundLocal錯誤文件

Question

我有這個文件的問題。當我啓動它時，我收到第24行的錯誤。

UnboundLocal Error : local variable 'file_out' referenced before assignment. 

有關如何更正它的任何建議將不勝感激。我不得不說，我是一個完整的Python的noob，並沒有自己寫這個。

#!/usr/local/python 

import sys, getopt 
import os 

usage="python correct_mol2.py -i 2qab_ligand.mol2 -o 2qab_ligand_new.mol2\n" 

def main(argv): 

    try: 
     opts,args = getopt.getopt(sys.argv[1:],'hi:o:') 
    except getopt.GetoptError: 
     sys.exit(2) 

    for opt, arg in opts: 
     if opt == '-h': 
      print usage 
      sys.exit() 
     elif opt == '-i': 
       file_in = arg 
     elif opt == '-o': 
      file_out = arg 
    x=0 
    fout=file("%s"%file_out,"w") 
    for line in file(file_in): 
#  print line 
     if line.find("@<TRIPOS>BOND") >= 0: 
      x=0 
     if x==0: 
      fout.write(line) 
     if x==1: 
      if line[47:49] == '35' : 
       fout.write(line[:47]+"Br"+line[49:]) 
       continue 
      if line[47:49] == '17' : 
       fout.write(line[:47]+"Cl"+line[49:]) 
       continue 
      if line[47:48] == '9' : 
       fout.write(line[:47]+"F"+line[48:]) 
       continue 
      if (line[47] == 'H' and line[48] ==' ') or line[47] == 'F' or line[47:49] == 'Br' or line[47:49] == 'Cl' : 
       fout.write(line) 
       continue 
      else: 
       fout.write(line[:48]+"."+line[48:54]+line[55:]) 
     if line.find("@<TRIPOS>ATOM") >= 0: 
      x=1 
    fout.close() 

main(sys.argv) 

Answer 1

的file_out說法是只有集如果-o參數設置。

您需要將for opt, arg in opts:循環之前可能設置默認：

file_out = 'default_filename' 

如果-o意味着是一個強制性的選擇，你需要明確地測試選擇缺席。

您的代碼的其他意見：

• 使用argparse代替; optparse已被棄用，它的繼任者更加靈活多變。

• file_out在設置時已經是一個字符串。不需要使用字符串格式;您可以直接將其傳遞給open()（而不是file()，也不贊成使用）。如果您使用的文件對象爲context manager，然後它會自動關閉你：

  with open(file_out, "w") as fout, open(file_in) as fin: 
      for line in fin: 
  

• 您可以使用文件對象作爲一個迭代器，這意味着你可以提前文件對象，並獲得更多的線隨着解析狀態的變化，for循環。用它來檢測Tripos MOL2記錄。

  Tripos MOL2 data records使用製表符或空格分隔行;將你的行分割成列，然後挑出特定的列來映射替換值。這比切片行到特定的列少了很多脆弱：

  map = {'35': 'Br', '17': 'Cl', '9': 'F'} 
  # when we encounter a mapped value, make it easier on ourselves 
  # and map those back to themselves 
  map.update((v: v) for v in map.values()) 
  
  section = None 
  for line in fin: 
      if line[0] == '@': 
       # new section 
       section = line.strip().rpartition('>')[-1] 
       fout.write(line) 
       continue 
  
      if section != 'ATOM': 
       fout.write(line) 
       continue 
  
      # parse the ATOM section 
      for line in fin: 
       if line[0] == '@': # section end, we are done 
        section = line.strip().rpartition('>')[-1] 
        fout.write(line) 
        break 
  
       # atom data lines are whitespace separated 
       row = line.split() 
  
       # I'm assuming column 7 is the value you are replacing; adjust as required 
       row[7] = map.get(row[7], '.') 
  
       # re-join line with tabs, write out 
       fout.write('\t'.join(row) + '\n')