R Bioconductor：topGO未安裝

我剛剛完成下載R和RStudios以與Ubuntu 14.04一起使用。我有版本R 3.0.2。我正在嘗試使用RStudio安裝Bioconductor軟件包topGO。我使用的代碼來源（：http://bioconductor.org/biocLite.R「），並得到消息：」Bioconductor版本2.13 ....更新版本的Bioconductor是可用後，安裝新版本的R「R Bioconductor：topGO未安裝

因此，我刪除R從我的電腦和重新。-installed它，我想我有最新的R版本3.0.2版我也R上的這個新downmload跑biocLite（「BiocUpgrade」），並得到了錯誤信息：

BioC_mirror: http://bioconductor.org 
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.12.1), R 
    version 3.0.2. 
Warning messages: 
1: Bioconductor version 2.13 is the latest available for R 
    version 3.0.0 
2: installed directory not writable, cannot update packages 
    'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 
    'KernSmooth', 'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 
    'rpart', 'spatial', 'survival'

我不知道是什麼這意味着我只是嘗試使用biocLite（「topGO」）下載topGO。它開始下載，但隨後停止並給出錯誤消息：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'GO.db', details: 
    call: match.arg(synchronous, c("off", "normal", "full")) 
    error: 'arg' must be NULL or a character vector 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/GO.db’ 
ERROR: dependency ‘GO.db’ is not available for package ‘topGO’ 
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/topGO’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/tmp/RtmpqFXYZT/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘GO.db’ had non-zero exit status 
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) : 
    installation of package ‘topGO’ had non-zero exit status 
3: installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 'KernSmooth', 
    'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 'rpart', 'spatial', 'survival'

有什麼想法？感謝您的幫助！

來源

2015-08-14 kevluv93

我討厭這樣做，我會在終端中輸入什麼來獲取這個最新的包的R？我試圖deb https://cran.cnr.Berkeley.edu/bin/linux/ubuntu vivid /但它說「deb」命令不存在 – kevluv93

如果你有ubuntu 14.04，我建議你編輯文件/ etc/apt/sources.list，並在末尾添加'deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty /'這一行，前提是您可以讀取/寫入該文件。 – RHertel

完成此操作後，可以繼續執行「sudo apt-get update」，然後執行「sudo apt-get install r-base」和「sudo apt-get install r-base-dev」。 – RHertel

您的計算機上沒有R的最新版本。幾個軟件包需要更新的版本。我建議您按照https://cran.r-project.org/上的說明安裝最新版本的R（目前是v3.2.1），然後重試。

來源

2015-08-14 17:36:22 RHertel

問題：安裝目錄不可寫，不能更新包 '啓動'， '類'， '羣'， '編碼工具編碼工具'， '外國'， 'KernSmooth'， '格'， '矩陣'，「mgcv 」， 'NLME'， 'NNET'， 'rpart包'， '空間'， '生存'

溶液：運行R作爲一個根用戶在終端

1，須藤ř 2，biocLite（」 BiocUpgrade「） 3，更新選項:(類型）a

來源

2017-02-01 21:57:39

R Bioconductor：topGO未安裝

回答

相關問題