r - phyloseq - 物種以外的分類羣的排序（家族，順序等）

Question

我已經回顧了phyloseq教程，但我無法確定如何確定壓力水平並繪製特定分類羣（其他比物種），如家庭或其他分類。

爲了說明我的觀點，這裏是下述R代碼：

library("phyloseq") 

data(GlobalPatterns) 

GP <- GlobalPatterns 

這是隔離的家庭類羣僅

GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"] 

GPotu <- otu_table(GP) 

GPsd <- sample_data(GP) 

GPpt <- phy_tree(GP) 

GPnew <- phyloseq(GPotu, GPsd, GPtaxa, GPpt) 

使用默認GlobalPatterns數據集

企圖

GP1 <- ordinate(GP, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100) 

GP1$stress 

# [1] 0.1612348 

使用經修訂的GlobalPatterns數據集作爲唯一分類羣

GP2 <- ordinate(GPnew, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100) 

GP2$stress 

# [1] 0.1612348 

如何使用phyloseq進行物種以外的分類羣的排序？

我知道如何在素食主義者中做到這一點，但我需要一個phyloseq解決方案。

謝謝。

Answer 1

您對tax_table()訪問器方法的調用沒有按照您在文章中所建議的子集或聚集。它只是單獨返回分類表，並以公共矩陣括號表示法排列到"Family"列。

您正在尋找的是tax_glom首先要做的聚集。

library("phyloseq") 
data(GlobalPatterns) 
GPnew <- tax_glom(GlobalPatterns, "Family") 

而且現在的協調

ord1 <- ordinate(GPnew, "NMDS", "bray") 
plot_ordination(GPnew, ord1, color="SampleType")