Python的Networkx到R igraph轉換有錯誤

我試圖將下面的Python代碼（Networkx）轉換爲R（對於igraph）。Python的Networkx到R igraph轉換有錯誤

# Python code 

import csv 
import networkx as nx 
import urllib 

DG=nx.DiGraph() 

dogcsv=csv.DictReader(open("dogs.csv","rU")) 

dogid=0 

nodeStr=['id', 'species', 'Location 1', 'Location 2'] 

nodeInt=['sumflu'] 

fluCols=['Influenza-1', 'Influenza-2', 'Influenza-3', 'Influenza-4', 
'Influenza-5', 'Influenza-6', 'Influenza-7', 'Influenza-8', 'Influenza-9'] 

for flu in fluCols: 
    DG.add_node(flu,typ="species") 

for row in dogcsv: 
    dogID='animal'+str(dogid) 
    DG.add_node(dogID,typ='animal') 
    for dog in nodeStr: 
     DG.node[dogID][dog]=row[dog] 
    for dog in nodeInt: 
     DG.node[dogID][dog]=int(row[dog]) 
    for flu in fluCols: 
     if str(row[flu])=='1': 
      DG.add_edge(dogID,flu) 
    dogid=dogid+1

以下是我在部分轉化嘗試從Python來R.

# R code 

library("data.table") 
library("igraph") 

dogs <- make_empty_graph() 

dogcsv <- fread("dogs.csv") 

dogid <- 0 

nodeStr <- c("id", "species", "Location 1", "Location 2") 

nodeInt <- "sumflu" 

fluCols <- c("Influenza-1", "Influenza-2", "Influenza-3", "Influenza-4", 
"Influenza-5", "Influenza-6", "Influenza-7", "Influenza-8") 

for(flu in fluCols) { 
dogs[flu] <- dogs %>% add_vertices(8) %>% add_vertices(dogs[flu], typ = "host") 
    }

這是當我跑的R代碼裏面的最後部分，我收到錯誤代碼：

Error in intI(i, n = [email protected][1], dn[[1]], give.dn = FALSE) : 
    no 'dimnames[[.]]': cannot use character indexing

在Python Networkx，曲線可以通過graphname.function（前調出。DG.add_node(dogID,typ='animal')）。

在R的igraph中是否有等價物？

有什麼辦法可以調出R的igraph中的節點而不必定義節點的數量？

另外，您會提供完成R翻譯的提示或建議嗎？

謝謝。

下列包含該.csv數據：

ID，種類，位置1，位置2，動物ID，sumvirus，流感-1，流感-2，流感-3，流感-4，流感-5，流感-6，流感-7，流感-8，流感-9
YUI-4322，宿主1，公園4，公園，MW 391,1,0,0,0,0,0,0,0 ，0,0
YUI-4321，host2，Park 4，Park，MW 390,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4320，host2，Park 4， Park，MW 389,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4319，host2，Park 4，Park，MW 388,0,0,0,0,0， 0,0,0,0,0
YUI-7318，host2，Park 4，Park，MW 387,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4317，host1，Park 4，Park，MW 386 ，0,0,0,0,0,0,0,0,0,0
YUI-4316，host2，Park 4，Park，MW 385,1,1,0,0,0,0,0， 0,0,0
YUI-2315，host1，Shelter 2，Shelter，MV319,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0
YUI-4314，host1，Shelter 2， MV 332,1,0,0,0,0,0,0,1,0,0

來源

2017-05-16 iembry

您可能對[http://stackoverflow.com/questions/17433402/r-igraph-rename-vertices](this）感興趣。有一個igraph Python版本;也許作爲一箇中間步驟，你可以把它轉化爲這個。雖然你怎麼能離開networkx？ ;-) –

我很困惑你在做什麼，但我可以告訴你，狗是一個圖形對象，並且你正在嘗試做一些無法理解的多行事。

呼叫狗[流感]給所有頂點連接到流感。

add_vertices（8）將8個新頂點添加到圖形中。

add_vertices（dogs [flu]，typ =「host」）在可以調用狗[flu]的情況下將相同的節點添加到已存在的圖中。

只需添加之前的所有節點（add_vertices [fluCols]，儘管它可能需要ints而不是字符串），然後再修改這些節點。

來源

2017-06-08 22:37:08

Python的Networkx到R igraph轉換有錯誤

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