R矩陣和共生分析

我真的是新手，我想用它來進行微生物分類羣的共現分析。我有一個像這樣的表（製表符分隔）與類羣的相對丰度：R矩陣和共生分析

Taxon Sample1 Sample2 Sample3.......Sample54 
OTU1 0.2  0.005 0.009   0.12 
OTU2 0.62..... 
OTU3 
.... 
OTU136

我想獲得類羣的Spearman秩相關矩陣，然後在一些不錯的圖形繪製。我應該不得不在矩陣中轉換我的表格，然後運行corr.test命令，對嗎？所以，我試圖轉換它，它並沒有給我任何錯誤，但是當我嘗試tun corr.test時，它說該矩陣不是數字....

任何人都可以幫助我怎麼辦？

感謝弗朗西斯

來源

2013-10-01 Francesca de Filippis

這聽起來像功課，而且你還沒有在數據上顯示代碼或'str（）'的輸出。 –

嗨迪文！我很抱歉，我不知道論壇規則...這些是我跑的命令：> row.names（otu.tab1）< - otu_tab1 $ Taxon > row.names（otu_tab1）< - otu_tab1 $分類單元 >暗淡（otu_tab1） [1] 134 54 > otu_tab1 <-otu_tab1 [，2：54] > otu_tab1_mat <-as.matrix（otu_tab1）這是STR（）的輸出：> STR（ [1：134,1:53]「0.0083825900」「0.0000000000」「0.0000000000」... ... - attr（*，「dimnames」）= 2列表中的 .. $：chr [1：134] 「Root; Other; Other; Other」「氯黴素菌; f__」「Solibacteres; f__Solibacteraceae」「Actinobacteria;其他」... .. $：chr [1:53]「NO8.4」「NO6.1」「NO7 .3「」NO9.4「... –

Noooooo。編輯你的問題。請進一步閱讀使用本網站的說明。 –

我只是想出了怎麼辦，所以我postinf回答我自己的問題，希望它可能是對他人有用：

require(gplots) # for heatmap.2() 

    mydata <- read.csv(file="otu_tab_L4.txt", header=T, row.names=1, sep="\t") 

    #transposes it and makes a matrix 
    mydata_t <- t(as.matrix(mydata)) 

    #makes Spearman's correlation 
    cor.matrix <- cor(mydata_t, method = "spearman") 

    #remove upper part of the matrix, since it gives the same informations 
    cor.matrix[upper.tri(cor.matrix)] <- NA 

    #checks matrix dimensions 
    dim(cor.matrix) 

    #Finally, I plotted a triangular heatmap of my matrix 
    ##the standard function will put the y labels on the right!! I wanted them on the   left! So ##changed the heatmap.2 function code in this way: 

    ####open the code: 
    fix(heatmap.2) 

    ###modify it in this way: 
    ##when it says: " axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
    cex.axis = cexRow) " 
    ##I put 2 in place of 4!! 

    heatmap<-  heatmap.2(cor.matrix,scale="none",Rowv=NA,Colv=NA,col=rainbow,margins(5,5),cexRow=0.5,cexCol=1.0,key=TRUE,keysize=1.5,trace="none")

來源

2013-10-02 18:37:01

R矩陣和共生分析

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