python與.pdb文件

Question

我正在開發生物項目。
我有.pdb（蛋白質數據庫）文件，其中包含有關分子的信息。

我想找出一個分子在.pdb文件如下：

1. 分子質量
2. H鍵供體。
3. H鍵受體。
4. LogP。
5. 折射率。

python中有沒有可以處理.pdb文件的任何模塊？
如果不是那麼任何人都可以請讓我知道我該怎麼辦？

我發現了一些模塊，如sequtils和protienparam但他們不這樣做。
我已經研究過，然後發佈，所以請不要投票。
請評論，如果你仍然投票反對你爲什麼這樣做。

在此先感謝。

Answer 1

我不知道它是否適合您的需求，但Biopython看起來可能有所幫助。

Answer 2

一個pdb文件可以包含幾乎任何東西。 許多項目可以讓你解析它們。一些特定於生物學和pdb文件，其他較不具體的，但可以讓你做更多（設置計算，測量距離，角度等）。

我認爲你會因爲這些項目很多而陷入低估狀態：你不是唯一一個想要這樣做的人，所以完全符合你需求的東西存在的可能性非常高。

這就是說，如果你只是想分析PDB文件爲這一特定需求，只是做自己：

• 打開一個文本編輯器文件。
• 確定相關數據的位置（關鍵字等）。
• 製作一個Python函數，用於打開文件並查找關鍵字。
• 從文件中提取數字。
• 完成。

這可以用不到10分鐘內寫出的簡短腳本來完成（其他原因爲什麼downvoting）。

Answer 3

PDB文件還輸出XML文件PDBML可以使用xml解析庫

http://pdbml.pdb.org/