從PDB文件

，得到殘餘的性質我有一個PDB文件，我想使用Python來解析PDB，我想找到PDB的殘留物的：從PDB文件

1. hydrophobicity 
2. interface topology 
3. solvent accessible surface area

我一直在使用pybel嘗試

file_name = "4hhb.pdb" 
allmols = [mol for mol in pybel.readfile("pdb", file_name)] 
for mol in allmols: 
    dir(mols)

但是，我只能看到幾個屬性。

'addh', 'atoms', 'calcdesc', 'calcfp', 'charge', 'conformers', 'data', 'dim', 'draw', 'energy', 'exactmass', 'formula', 'localopt', 'make3D', 'molwt', 'removeh', 'spin', 'sssr', 'title', 'unitcell', 'write

如何從pdb中找到這3個屬性？我可以使用python中的任何模塊來獲取這些屬性。

來源

2014-01-17 sam

一個例子'pdb'文件會有所幫助。 – senshin

@senshin：http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do中的任何pdb文件都會執行，例如：http://www.rcsb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat= pdb＆compression = NO＆structureId = 2INS – sam

在本1答覆中提到，BioPython 2提供支持解析.pdb文件

來源

2014-01-17 06:54:07 Mause

我看過那些但他們不提供這3個屬性 – sam

當然他們會擴展嗎？ – Mause

IE，子類？ – Mause

Hidrophobicity（每個AA）可發現：

Bio.SeqUtils.ProtParamData.kd

kd = {'A': 1.8, 'R':-4.5, 'N':-3.5, 'D':-3.5, 'C': 2.5, 
     'Q':-3.5, 'E':-3.5, 'G':-0.4, 'H':-3.2, 'I': 4.5, 
     'L': 3.8, 'K':-3.9, 'M': 1.9, 'F': 2.8, 'P':-1.6, 
     'S':-0.8, 'T':-0.7, 'W':-0.9, 'Y':-1.3, 'V': 4.2 }

我猜你有添加所有氨基酸值並獲得總體的疏水性。

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParamData-pysrc.html

您可以使用GROMACS（http://manual.gromacs.org/online/g_sas.html），以獲得另外兩個參數。查看C源代碼（http://repo.or.cz/w/gromacs.git/blob/HEAD:/src/tools/gmx_sas.c），這些參數遠不是明顯的計算結果。

我會將g_sas換成subprocess.Popen()並獲得結果。

有人pybel/openbabel在這裏做到了：

http://code.google.com/p/enzyme-stats/source/browse/trunk/src/asa/surface.py

來源

2014-01-17 07:28:31 xbello

但這些是原子，我需要獲得殘留物的屬性。 – sam

我明白殘基= aminoacid（上面的'kd'字典）。例如。氨基酸/殘基「丙氨酸（A）」具有1.8的疏水性。我明白原子=原子。例如。碳，氧，氫或氮。 – xbello

回答

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