R中的聚類3D數組

Question

我正在嘗試聚簇數組中的3D數據。它實際上是來自3D圖像的信息，因此此數組表示具有x，y，z值的單個圖像。我想知道什麼樣的體素傾向於聚集在一起。數組看起來像這樣。

dim(x) 
[1] 34 34 34 1 

我該怎麼辦？我試圖用scatterplot3d繪圖，但它沒有奏效。

Answer 1

所以這是一個嘗試羣集。如果你想得到更好的答案，你應該提供數據。

library(reshape2) # for melt(...) 
library(rgl)  # for plot3d(...) 

set.seed(1)   # to create reproducible sample 

# 3D matrix, values clustered around -2 and +2 
m  <- c(rnorm(500,-2),rnorm(500,+2)) 
dim(m) <- c(10,10,10) 
v  <- melt(m, varnames=c("x","y","z")) # 4 columns: x, y, z, value 
# interactive 3D plot, coloring based on value 
plot3d(v$x,v$y,v$z, col=1+round(v$value-min(v$value)),size=5) 
# identify clusters 
v  <- scale(v)       # need to scale or clustering will fail 
v  <- data.frame(v)      # need data frame for later 
d <- dist(v)        # distance matrix 
km <- kmeans(d,centers=2)     # kmeans clustering, 2 clusters 
v$clust <- km$cluster      # identify clusters 
# plot the clusters 
plot(z[1:4],col=v$clust)     # scatterplot matrix 
plot3d(v$x,v$y,v$z, col=v$clust,size=5)  # 3D plot, colors based in cluster 

主要想法是重塑你的3D矩陣爲「長」的格式，列x，y，z和實際的矩陣值。所以現在x，y和z包含位置信息（這裏是索引值1:10）。您需要對其進行縮放，以便value列和索引列的大小相同，否則集羣會給您帶來誤導性的結果。