範圍（）具有可變步整數值

下面的代碼工作完全一樣意圖：範圍（）具有可變步整數值

dnasequences = [ 
    'GCTAGCTAGCTAGCTA', 
    'CTAGCTAGCTAGCTAG', 
    'TAGCTAGCTAGCTAGC', 
    'AGCTAGCTAGCTAGCT' 
] 

xlate = {'G': 'C', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'} 


def dna2rna(sequences): 
    rnalist = [xlate[n] for sequence in sequences for n in sequence] 
    return rnalist 

rnasequences = dna2rna(dnasequences) 
print([''.join(rnasequences[i:i+16]) for i in range(0, len(rnasequences), 16)])

它返回： [ 'CGAUCGAUCGAUCGAU'， 'GAUCGAUCGAUCGAUC'， 'AUCGAUCGAUCGAUCG'， 'UCGAUCGAUCGAUCGA']

我正在修改它，以便dnasequences（）中的DNA序列可以具有任何可變長度。

我靠近這個：

dnasequences = [ 
    'GCTAGCTA', 
    'CTAGCTAGCTAGCTAG', 
    'TAGCTAGCTAGCTAGC', 
    'AGCTAGCTAGCTAGCT' 
] 

xlate = {'G': 'C', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'} 


def dna2rna(sequences): 
    rnalist = [xlate[n] for sequence in sequences for n in sequence] 
    seqlen = [len(sequence) for sequence in sequences] 
    return rnalist, seqlen 


def printxlate(rnasq, lens): 
    index = 0 
    for i in range(0, len(rnasq), lens[index]): 
     print([''.join(rnasq[i:i+lens[index]])]) 
     index += 1 


rnasequences, seqlens = dna2rna(dnasequences) 
printxlate(rnasequences, seqlens)

它打印前兩個翻譯的正確序列，但開始與第三它是關閉（雖然我有第二個問題：在第二個程序版本我得到一個單獨的列表中dnasequences每個序列（），其中我不想要的。我想和像在第一個版本四個元素的單個列表。）

在第一迭代i = 0 在第二迭代i = 8。到目前爲止這麼好。

但在第三次迭代（在PyCharm調試器）我看到，我= 16 我相信它應該是24.既然不是，第三和第四翻譯是錯誤的，它的錯誤了與'索引超出範圍'錯誤。

如果第三次迭代是i = 24，第四次i = 40，它就會起作用。

我只是不明白爲什麼它得到的前兩個迭代正確，然後開始失敗的第三。

在第一個程序'我'步驟通過0,16,32和48就好了。

來源

2017-06-30 MarkS

您陷入困境的原因是您在列表理解中使用嵌套對齊結果。你不應該擔心的問題，如果你使用：

[[... for _ in string] for string in sequence] 
# ^^^^ put the inner for loop here instead of at the end

你的第二個解決方案的一個變化是：

[''.join(xlate[l] for l in s) for s in dnasequences] 
# ['CGAUCGAU', 'GAUCGAUCGAUCGAUC', 'AUCGAUCGAUCGAUCG', 'UCGAUCGAUCGAUCGA']

str.translate這裏應該是一個更好的選擇：

table = str.maketrans(xlate) 
[s.translate(table) for s in dnasequences] 
# ['CGAUCGAU', 'GAUCGAUCGAUCGAUC', 'AUCGAUCGAUCGAUCG', 'UCGAUCGAUCGAUCGA']

來源

2017-06-30 20:34:19 Psidom

不幸的是，我無法理解你的解決方案（我仍然很新的這一點）。你做了什麼修改第二個程序？謝謝。 – MarkS

修改是將'for n in sequence'移動到列表理解的開頭，這樣就不會使結果變平。 – Psidom

今天早上再次用一雙新的眼睛看着它。現在，我將對您的第二個解決方案進行修改。此外，maketrans（）的文檔說明翻譯必須具有相同的長度：「注意：intab和outtab都必須具有相同的長度。」通過我的第二個解決方案，您可以進行一對多翻譯。謝謝！ – MarkS

功能齊全的第二版修正版，包含一對多翻譯。精製：2017年7月5日

from pprint import pprint 

dnasequences = [ 
    'GCTAGCTA', 
    'CTAGCTAGCTAGCTAG', 
    'TAGCTAGCTAGC', 
    'AGCTAGCTAGCTAGCTAGCT', 
    'GCTA', 
    'CTAGTAGCTGACTCAGTACGTACA' 
] 

xlate = {'G': 'abc', 'C': 'G', 'T': 'A', 'A': 'U'} 

pprint([''.join(xlate[n] for n in sequence) for sequence in dnasequences])

輸出： ['abcGAUabcGAU', 'GAUabcGAUabcGAUabcGAUabc', 'AUabcGAUabcGAUabcG', 'UabcGAUabcGAUabcGAUabcGAUabcGA', 'abcGAU', 'GAUabcAUabcGAabcUGAGUabcAUGabcAUGU']

來源

2017-07-01 13:14:23 MarkS

範圍（）具有可變步整數值

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