閱讀HDF5數據集與熊貓

Question

我試圖打開與大熊貓一組少HDF5文件：

import pandas as pd 
foo = pd.read_hdf('foo.hdf5') 

，但我得到一個錯誤：

TypeError: cannot create a storer if the object is not existing nor a value are passed

我試圖通過分配解決這個key：

foo = pd.read_hdf('foo.hdf5','key') 

這工作，如果key是一個組，但該文件沒有分組，而是幾個大以最高hdf結構進行製造。即工作文件的結構是：組 - >數據集，而不工作文件的結構是：數據集。

f = h5py.File('foo.hdf5','r') 

和

dset = f['dataset'] 

查看數據集：與h5py，在那裏我會用打開時他們都工作得不錯。任何想法如何閱讀熊貓？

Answer 1

我認爲不同的術語you'are困惑 - 熊貓的HDF店key是即Group + DataSet_name完整路徑...

演示：

In [67]: store = pd.HDFStore(r'D:\temp\.data\hdf\test.h5') 

In [68]: store.append('dataset1', df) 

In [69]: store.append('/group1/sub_group1/dataset2', df) 

In [70]: store.groups 
Out[70]: 
<bound method HDFStore.groups of <class 'pandas.io.pytables.HDFStore'> 
File path: D:\temp\.data\hdf\test.h5 
/dataset1        frame_table (typ->appendable,nrows->9,ncols->2,indexers->[index]) 
/group1/sub_group1/dataset2   frame_table (typ->appendable,nrows->9,ncols->2,indexers->[index])> 

In [71]: store.items 
Out[71]: 
<bound method HDFStore.items of <class 'pandas.io.pytables.HDFStore'> 
File path: D:\temp\.data\hdf\test.h5 
/dataset1        frame_table (typ->appendable,nrows->9,ncols->2,indexers->[index]) 
/group1/sub_group1/dataset2   frame_table (typ->appendable,nrows->9,ncols->2,indexers->[index])> 

In [72]: store.close() 

In [73]: x = pd.read_hdf(r'D:\temp\.data\hdf\test.h5', 'dataset1') 

In [74]: x.shape 
Out[74]: (9, 2) 

In [75]: x = pd.read_hdf(r'D:\temp\.data\hdf\test.h5', '/group1/sub_group1/dataset2') 

In [76]: x.shape 
Out[76]: (9, 2)