針對特定染色體目標的重複環

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我很喜歡這個新東西，所以我會歡迎任何建議。針對特定染色體目標的重複環

我在數據框中有三列，一列顯示染色體位置，而另兩列顯示染色體位置的開始和結束（即chr1 1100 1200）。

前十行顯示的是chr1的數據，但之後有chr2的數據等等。

我已經創建了一個循環，我只想將它應用於chr1行。然後我想爲chr2重複相同的事情。

到目前爲止，我寫了下面這似乎並沒有工作：for（我在data.frame $ chr1）。

其他建議？

謝謝

來源

2017-07-16 Natalia

我很確定有人可以輕鬆地幫助你，但請參閱https://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example關於格式化你的問題的一些提示。一些使用dput（）的示例數據將非常有用。另外，在R中經常可以避免使用循環。你真正想要做什麼？ – Florian

如果你設置使用循環，我想你會想''for（n in unique（data.frame $ column.name））' – roarkz

您可以使用split函數。它將沿着染色體變量進行分割，您可以使用sapply或lapply函數遍歷每個列表元素（它現在保存各個染色體的數據）。如果你提供一個可重複的例子，那麼顯示如何實現這一點是微不足道的。

來源

2017-07-16 15:26:56

針對特定染色體目標的重複環

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