如何只使用markovchain在r

上繪製某些最小閾值以上的邊緣我有一個很大的轉換矩陣，我想繪製一個r圖。我所選擇的馬爾可夫鏈包來完成，這允許我把這種矩陣變換爲馬爾可夫鏈對象，然後如下繪製它：如何只使用markovchain在r

library(markovchain) tMat = matrix(c(0,.2,.7,.1,.3,.4,.3,.1,.4,.5),3,3) mc = new("markovchain",transitionMatrix = tMat) plot(mc)

產生以下輸出：

的

當然，這只是一個例子，正如我之前提到的那樣，真正的轉換矩陣非常有趣。

我的問題是：如何繪製只有值大於某個最小閾值的邊？如果我試圖「清零」低於某個閾值的所有值，馬爾科夫鏈就會抱怨這些行不會加在一起（因爲它不再是一個單一的社交矩陣）。但是對於一個非常複雜的圖，連接到一個頂點的邊總和爲1並不重要，更重要的是圖保持可讀性。有沒有辦法做到這一點？

我知道plot函數是建立在igraph.plot之上的，所以我希望有一些選擇可以幫助嗎？

任何建議將不勝感激！

-Paul woops：我回答了我自己的問題。只是想離開這裏這情況下，其他人遇到同樣的問題：你可以簡單地創建馬爾可夫鏈的對象，然後進入其transitionMatrix屬性和直接編輯值： [email protected][[email protected]<.2] = 0

主要生產：

現在上帝的後續問題實際上得到了原始問題，並且會是一個更好的解決方案：如何僅抑制圖形輸出中的數字而不是完全刪除線條？它導致以前連接的節點/頂點成爲島嶼的醜陋情況。我認爲這將涉及到存儲這些值的igraph.plot對象的部分，即使在重新分類之後，我也不知道該如何做。

來源

2016-01-26 Paul

如何只抑制圖形輸出中的數字而不是完全刪除行？

將markovchain對象強制爲一個igraph對象;現在您獲得了您所需的全部靈活性：

library(markovchain) 
statesNames=c("a","b","c") 
mc<-new("markovchain", states=statesNames, transitionMatrix= 
      matrix(c(0.2,0.5,0.3, 
        0,1,0, 
        0.1,0.8,0.1),nrow=3, byrow=TRUE, dimnames=list(statesNames,statesNames) 
       )) 
g <- as(mc, "igraph") 
min <- 0.5 
plot(g, edge.label=ifelse(E(g)$prob>=min, E(g)$prob, NA))

來源

2016-01-26 07:53:27 lukeA

謝謝！這正是我所期待的。應該給我足夠的能夠使用igraph文檔回答我自己的問題。 – Paul

如何只使用markovchain在r

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