GenomicFeatures軟件包安裝問題

對不起，很快就會有一個簡單的安裝問題，但我無法自己解決它是嚴重影響我的生產力。無論如何，我嘗試按照BC網站的建議安裝GenomicFeatures。GenomicFeatures軟件包安裝問題

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
> biocLite("GenomicFeatures")

我收到以下錯誤消息（除了幾個警告信息）

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’ 
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’ 
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’ 
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

所以一些問題，我想的依賴，但它似乎很奇怪，他們將之前的GF自動安裝。我正在使用版本2.15.0。任何線索可能是什麼問題？我很樂意根據需要提供更多信息。謝謝。

來源

2012-06-10 mstrfrdmx

依賴關係*應該在應用程序包之前自動安裝。好像你在使用RCurl和XML時遇到問題。嘗試從CRAN中分別安裝這些程序。 'install.packages（RCurl）'等。我成功安裝了'GF'，因爲我有這些依賴關係。 – Maiasaura

另外，如果您在遵循上述建議後仍然遇到問題，請編輯您的問題並添加'sessionInfo（）'的結果。 – Maiasaura

您需要安裝操作系統庫libcurl和libxml。精確的規格取決於您的操作系統;對於我'sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev'和libxml2-dev。一旦安裝完畢，'biocLite'或'install.packages'就可以正常工作。 –

馬丁摩根有一個解決方案，我相信在評論中的作品。我會詳細闡述一點。

錯誤消息告訴您需要安裝RCurl和XML軟件包。這兩個軟件包都要求您的系統具有特定的開發包。你似乎在運行Linux。如果您使用的是基於Debian的系統（Debian，Ubuntu，Mint，...），那麼對於RCurl進行安裝，您需要安裝libcurl4-openssl-dev，而對於XML安裝，您需要安裝libxml2-dev。您可以通過在命令行上相對簡單地完成此操作，方法是鍵入

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

應該安裝所需的軟件包和任何依賴項。然後，你應該能夠在R

install.packages("RCurl") 
install.packages("XML")

從安裝RCurl和XML封裝在這一點上你所需要的依賴，並應能夠從Bioconductor的安裝GenomicFeatures。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("GenomicFeatures")

只是說明了使用Windows的 - 讓RCurl和XML並不容易，然而，布賴恩·裏普利博士在his website提供這些包的二進制文件，你可以從那裏很容易下載。最初，當我看到RCurl和XML出現問題時，我認爲它必須是Windows用戶，直到我查看實際的錯誤並意識到它是Linux用戶。

來源

2012-06-10 20:09:07 Dason

GenomicFeatures軟件包安裝問題

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